| 查看: 2472 | 回复: 6 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
lf6220至尊木虫 (著名写手)
|
[求助]
如何回复Genbank序列里含有终止密码子和读码框移位 已有1人参与
|
|
|
最近在Genbank上传可以表达蛋白的基因序列获取登录号时，Genbank回信说，序列里含有终止密码子和读码框移位，让给出解释。我的序列是： ATGGATTCAGTCAATATCGAGACCCCCGCAGCCACTCAGGCCGAAGCGCTCGCAGCATTCGATCAGCAGGCAGCAGGGCA GTACTTGCGCGGTCAGTGGATTGCGGAGGAGCACCTGATGCGGGCCATTGGCGGGCCTCGCCCCGCAGGCATCCCTTACC GGTGGGCATGGGACGATGTCGAGAAGGCCCTCGCTGAGGCGACCATTGCACTCGGGCCCGTCGACACGGCGAGGCGGCAC CTCACCTTCGTCAACCCTGGTCTCCTCGATCGCGGAAGCGCCACCACGCACACCATCTCTGCCGGCTTCCAGCTCGTGAA GCCGGGCGAAGTATGCTGGTCGCATCGACACACCATGGGCGCTGTGCGATTCATCACGAAGGGAGATCCGGAGGCTTTCA CGACCGTCGACGGCGAGCGTCTGCCCATGGAAGATTTCGATCTTCTGATCACCCCGCGATTCTCGTGGCACGACCACCAC AACCCGAGCGACTCCGACGTTGTCTGGCTCGACGGCCTCGACATAGGCCTTCTCTTCGCCCTCGGTGCAGTCTACTACGA GCCCTACGGCGACGACAGCCAGAACGTGCGCCCTTCGAGCAGCGAAGGCATCGGAACCCGCAGCCACTGGCTGCGTCCAA CGTGGGAACGCGGTCGCGAGAGCAGACTGCCCGTGCGCTATCCCTGGAGCGAAGTCAAAGCGCGCCTCAATCTCTACGAC CTCGACGCGGGCAACCCTTACGACGGGCTGGCGCTGCGATACGCCAATCCGGTGACTGGTGGCCCGACGATGGCCACCAT GGACTGCTGGGTGCAACGCCTCGCCCCAGGGTTCGATGGCAAGGCCCACCGCCGTTCATCCAGCGCGGTCACTTACGTTA TCTCTGGCTCCGGCTCGTTCGTCACCGATGACGAGACGATCAGCTTCGTGCCCGGCGACGTCATCGCGCTTCCGAACTGG ACTAACTTTCGATGGGTGAATGCCTCCCCGACTGAGTCGGTACAGCTCTTCTCGATGCACGACATTCCTGCACTGCAGGC TTTTGGCCTGCTCTACGAAGAACCGGAATCGATTCTCAACGCGACACCCGCGCCCGTGAACCCTACTCCGCCACTCAAGC CAATCTACCGGGCTGGCGCCTTCTACGATCAGGATGAACTATGA 利用ORFfinder分析后这是其中的一个最大的开放阅读框，经blastX分析，有超过十几个相似度高达99%的蛋白氨基酸序列存在，说明是可以表达蛋白的，但是其中也有几个读码框移位（含终止密码子）。我也对照了Genbank里的登录号为YP_004243241.1的1-羟基-2-萘甲酸双加氧酶的序列，也发现它的里面也含有读码框移位（含终止密码子）。 现在不知道如何回答Genbank的疑问？genbank的原话为：We have noticed that some or all of the sequences contain internal stop codons and/or reading frame shifts (insertions/deletions based on BLASTsimilarity search results and/or an alignment). This generally indicates problems such as: - errors in the nucleotide sequence - sequences have not been trimmed of low quality - problems with feature annotation which may be due to:translation in the wrong reading frame or on the wrong strandtranslation does not have the correct exon spanstranslation includes noncoding sequence, such as introns or UTR's 请有经验的大侠给解答一下，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
推荐一些20种氨基酸检测的实际应用案例
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有211人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 新手，一直不明白终止密码子，与终止子的作用
已经有6人回复
- 如何将Genbank序列导入BEAST或BEAUti软件
已经有7人回复
- 在做系统发育树的时候，如何从genbank上选择下载同源序列呢
已经有10人回复
- 【求助/交流】求关于序列上传到GENBANK的相关问题
已经有5人回复
- 【求助/交流】求助：如何能在genbank中快速批量下载序列
已经有6人回复
silvertank
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 81.3
- 帖子: 15
- 在线: 15.3小时
- 虫号: 1847017
- 注册: 2012-06-04
- 性别: MM
- 专业: 植物进化生物学
3楼2013-12-28 09:45:31
xiuwei001
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 5728.3
- 散金: 150
- 红花: 2
- 帖子: 941
- 在线: 195.7小时
- 虫号: 420439
- 注册: 2007-07-10
- 性别: GG
- 专业: 植物化学保护
2楼2013-11-11 20:57:12
4楼2014-02-08 18:01:52
5楼2015-05-14 20:53:19
