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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何回复Genbank序列里含有终止密码子和读码框移位
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lf6220

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 如何回复Genbank序列里含有终止密码子和读码框移位 已有1人参与

最近在Genbank上传可以表达蛋白的基因序列获取登录号时，Genbank回信说，序列里含有终止密码子和读码框移位，让给出解释。我的序列是：
ATGGATTCAGTCAATATCGAGACCCCCGCAGCCACTCAGGCCGAAGCGCTCGCAGCATTCGATCAGCAGGCAGCAGGGCA
GTACTTGCGCGGTCAGTGGATTGCGGAGGAGCACCTGATGCGGGCCATTGGCGGGCCTCGCCCCGCAGGCATCCCTTACC
GGTGGGCATGGGACGATGTCGAGAAGGCCCTCGCTGAGGCGACCATTGCACTCGGGCCCGTCGACACGGCGAGGCGGCAC
CTCACCTTCGTCAACCCTGGTCTCCTCGATCGCGGAAGCGCCACCACGCACACCATCTCTGCCGGCTTCCAGCTCGTGAA
GCCGGGCGAAGTATGCTGGTCGCATCGACACACCATGGGCGCTGTGCGATTCATCACGAAGGGAGATCCGGAGGCTTTCA
CGACCGTCGACGGCGAGCGTCTGCCCATGGAAGATTTCGATCTTCTGATCACCCCGCGATTCTCGTGGCACGACCACCAC
AACCCGAGCGACTCCGACGTTGTCTGGCTCGACGGCCTCGACATAGGCCTTCTCTTCGCCCTCGGTGCAGTCTACTACGA
GCCCTACGGCGACGACAGCCAGAACGTGCGCCCTTCGAGCAGCGAAGGCATCGGAACCCGCAGCCACTGGCTGCGTCCAA
CGTGGGAACGCGGTCGCGAGAGCAGACTGCCCGTGCGCTATCCCTGGAGCGAAGTCAAAGCGCGCCTCAATCTCTACGAC
CTCGACGCGGGCAACCCTTACGACGGGCTGGCGCTGCGATACGCCAATCCGGTGACTGGTGGCCCGACGATGGCCACCAT
GGACTGCTGGGTGCAACGCCTCGCCCCAGGGTTCGATGGCAAGGCCCACCGCCGTTCATCCAGCGCGGTCACTTACGTTA
TCTCTGGCTCCGGCTCGTTCGTCACCGATGACGAGACGATCAGCTTCGTGCCCGGCGACGTCATCGCGCTTCCGAACTGG
ACTAACTTTCGATGGGTGAATGCCTCCCCGACTGAGTCGGTACAGCTCTTCTCGATGCACGACATTCCTGCACTGCAGGC
TTTTGGCCTGCTCTACGAAGAACCGGAATCGATTCTCAACGCGACACCCGCGCCCGTGAACCCTACTCCGCCACTCAAGC
CAATCTACCGGGCTGGCGCCTTCTACGATCAGGATGAACTATGA

利用ORFfinder分析后这是其中的一个最大的开放阅读框，经blastX分析，有超过十几个相似度高达99%的蛋白氨基酸序列存在，说明是可以表达蛋白的，但是其中也有几个读码框移位（含终止密码子）。我也对照了Genbank里的登录号为YP_004243241.1的1-羟基-2-萘甲酸双加氧酶的序列，也发现它的里面也含有读码框移位（含终止密码子）。
现在不知道如何回答Genbank的疑问？genbank的原话为：We have noticed that some or all of the sequences contain internal stop codons and/or reading frame shifts (insertions/deletions based on BLASTsimilarity search results and/or an alignment). This generally indicates problems such as: - errors in the nucleotide sequence - sequences have not been trimmed of low quality - problems with feature annotation which may be due to:translation in the wrong reading frame or on the wrong strandtranslation does not have the correct exon spanstranslation includes noncoding sequence, such as introns or UTR's

请有经验的大侠给解答一下，谢谢！
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1楼 2013-05-23 10:34:57
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xiuwei001

铁杆木虫 (正式写手)
最后怎么解决的？
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2楼2013-11-11 20:57:12
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silvertank

新虫 (初入文坛)
楼主，我也想知道怎么解决的！
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3楼2013-12-28 09:45:31
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匿名

用户注销 (正式写手)
本帖仅楼主可见
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4楼2014-02-08 18:01:52
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yaoy8023

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 周游1166 at 2014-02-08 18:01:52
楼主解决这个问题没有  我现在很焦急啊 就是碰到这个问题了 文章等着投稿  序列就是提交不上去

您好，我想请教您的问题解决了吗？我在提交序列的时候碰到了同样的问题，不知道怎么办，求指导
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5楼2015-05-14 20:53:19
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369443288

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

楼主，这个问题解决了没有？求助！
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诞生之日
6楼2015-12-21 17:26:01
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369443288

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

其实就是你的这段序列里面不是一段完整的序列，你把序列翻译成氨基酸后找到中止密码的地方，选这之前的一段就可以了。如果是你自己测序的序列，可能会不准确，你去NCBI里面比对一下，找别人发表过的，再去上传就可以了。
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诞生之日
7楼2016-01-18 11:21:12
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