| 查看: 3192 | 回复: 7 | ||
| 本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看 | ||
[求助]
如何将Genbank序列导入BEAST或BEAUti软件
|
||
|
我使用ClustalX2将Genbank上下载序列（Fasta）格式转换为NEXUS格式，但是在读入BEAUti时出现问题，显示如下提示： “Error parsing importedfile:dr.evolution.io.importer$importexception” 有人遇到过类似问题吗？有什么办法可以将Genbank上的序列专为BEAST软件需要的格式？ |
回复此楼» 猜你喜欢
295求调剂
已经有15人回复
-
一志愿河北工业大学材料工程，初试344求专硕调剂
已经有6人回复
-
362求调剂一志愿中国石油大学
已经有5人回复
-
0703调剂，一志愿天津大学319分
已经有13人回复
-
085600材料与化工专硕329 求调剂
已经有4人回复
-
化工求调剂！
已经有4人回复
-
材料调剂
已经有5人回复
-
求调剂 一志愿西南交通大学085701环境工程 282分
已经有8人回复
-
265求调剂
已经有3人回复
-
302分求调剂 一志愿安徽大学085601
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- GenBank 上提交新基因的氨基酸序列 一般需要多久才能录进NCBI数据库上
已经有11人回复
- 用BankIt在线向Genbank数据库提交序列
已经有265人回复
- 请问在GenBank上找到了一条序列，怎样知道作者所用引物的序列？
已经有9人回复
- 求助百度上的一篇文献：如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例
已经有2人回复
- 寻求把细菌的16s rDNA序列提交到Genbank，申请accession number 的专家-谢谢！
已经有3人回复
- 向genbank提交序列之后，收到一信件，需要提供有关样品的信息？有人遇到过么？救赎
已经有19人回复
- 向GENBANK提交的序列能随后修改吗？
已经有5人回复
- 我向Genbank提交了序列并收到了登录号，可我把那封邮件弄没了，怎么再获得登录号？
已经有12人回复
- 求教如何通过GenBankTM/EBI Data Bank 查到核酸序列
已经有5人回复
- 【求助/交流】如何从GENBANK上查询菌株的的Acession No
已经有5人回复
- 【求助/交流】求关于序列上传到GENBANK的相关问题
已经有5人回复
- 【求助/交流】有登陆号，如何批量从Genbank中导出fasta格式的核酸序列
已经有6人回复
- 【求助/交流】求助：如何能在genbank中快速批量下载序列
已经有6人回复
- 【求助/交流】关于序列去genbank比对的问题
已经有11人回复
- 【求助/交流】【求助】怎样向GenBank中提交16srDNA序列
已经有3人回复
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
看天: BioEPI+1 2012-12-08 11:44:25
|
建议就是熟练使用 搜索引擎，比如google，来解决日常问题，比如你这个问题，是nexus的格式问题，那如果你搜索一下nexus file format，可以得到这个网站http://wiki.christophchamp.com/index.php/NEXUS_file_format 里面就有详细的说明，注意看 Format subcommands The following are possible formatting subcommands: DataType = { standard | DNA | RNA | nucleotide | protein | continuous } RespectCase Missing Gap Symbols Equate MatchChar [No]Labels Transpose Interleave Items StatesFormat [No]Tokens 在你的文件中，用了format missing=? interleave datatype=DNA gap= -; 这样的话，就很明显了，其他的都是 参数=数值 的格式，比如datatype(参数）=DNA（数值），而interleave这个参数没有数值，那改成interleave=true会不会有用呢？ |
4楼2012-12-08 07:33:36
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
xingdei: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-12-08 11:32:57
感谢参与，应助指数 +1
xingdei: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-12-08 11:32:57
|
最大的猜测就是你的NEXUS格式不对。你有没有用文本编辑器打开看过？ 实在不确定的话，参照tutorial （比如http://beast.bio.ed.ac.uk/Tutorial_1）自己建个NEXUS文件试试。 |
2楼2012-12-06 07:32:42
|
谢谢wizardfan版主的指点，按照你说的对比tutorial上的NEXUS文件，确实有差别，因为这是第一次接触这些生物信息相关知识，还是不太明白应该怎么改，你能帮我看看吗？ 另外，非专业人士应该从哪儿入手学习这些生物进化分析方面的知识呢？版主有没有什么好建议？ 6 genome.fasta(65.75KB) http://kuai.xunlei.com/d/GYNXEIBSCMNC?p=130497 6 genome.nex(104.82KB) http://kuai.xunlei.com/d/GMKFSXBECYVX?p=130497 |
3楼2012-12-07 17:00:39
5楼2012-12-08 11:41:05
6楼2014-09-09 17:37:30
7楼2015-05-19 16:10:51
8楼2017-01-04 14:44:30
