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如何将Genbank序列导入BEAST或BEAUti软件
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我使用ClustalX2将Genbank上下载序列（Fasta）格式转换为NEXUS格式，但是在读入BEAUti时出现问题，显示如下提示： “Error parsing importedfile:dr.evolution.io.importer$importexception” 有人遇到过类似问题吗？有什么办法可以将Genbank上的序列专为BEAST软件需要的格式？ |
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wizardfan
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【答案】应助回帖
看天: BioEPI+1 2012-12-08 11:44:25
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建议就是熟练使用 搜索引擎，比如google，来解决日常问题，比如你这个问题，是nexus的格式问题，那如果你搜索一下nexus file format，可以得到这个网站http://wiki.christophchamp.com/index.php/NEXUS_file_format 里面就有详细的说明，注意看 Format subcommands The following are possible formatting subcommands: DataType = { standard | DNA | RNA | nucleotide | protein | continuous } RespectCase Missing Gap Symbols Equate MatchChar [No]Labels Transpose Interleave Items StatesFormat [No]Tokens 在你的文件中，用了format missing=? interleave datatype=DNA gap= -; 这样的话，就很明显了，其他的都是 参数=数值 的格式，比如datatype(参数）=DNA（数值），而interleave这个参数没有数值，那改成interleave=true会不会有用呢？ |
4楼2012-12-08 07:33:36
wizardfan
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
xingdei: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-12-08 11:32:57
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xingdei: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-12-08 11:32:57
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最大的猜测就是你的NEXUS格式不对。你有没有用文本编辑器打开看过？ 实在不确定的话，参照tutorial （比如http://beast.bio.ed.ac.uk/Tutorial_1）自己建个NEXUS文件试试。 |
2楼2012-12-06 07:32:42
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谢谢wizardfan版主的指点，按照你说的对比tutorial上的NEXUS文件，确实有差别，因为这是第一次接触这些生物信息相关知识，还是不太明白应该怎么改，你能帮我看看吗？ 另外，非专业人士应该从哪儿入手学习这些生物进化分析方面的知识呢？版主有没有什么好建议？ 6 genome.fasta(65.75KB) http://kuai.xunlei.com/d/GYNXEIBSCMNC?p=130497 6 genome.nex(104.82KB) http://kuai.xunlei.com/d/GMKFSXBECYVX?p=130497 |
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