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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 用BankIt在线向Genbank数据库提交序列
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

[资源] 用BankIt在线向Genbank数据库提交序列

看到有人问关于使用新版bankit向Genbank数据库提交序列的问题，正好手头有一个给学生上课时用的课件，把这部分单独整理了一下，供需要的人参考。
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  • 附件 1 : 序列提交.pptx
    • 2012-09-27 08:14:59, 600.54 K

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1楼 2012-09-27 08:16:34
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小丹木木: 金币+5, MolEPI+1, 谢谢积极交流，分享经验 2012-12-14 16:21:30
引用回帖:
23楼: Originally posted by 萌萌李萌萌 at 2012-12-13 18:41:58
请问，这个序列的多少，是按照什么来区分的呢？是不同序列的多少，还是碱基对的多少？比如说，我需要提交的序列是一个病毒的全基因组序列，需要分析里面的序列组成，那直接用bankit提交的话，是不是仅仅就是一个全 ...

1.指的是序列的数目不是碱基对多少。
2.像病毒这样的小基因组要用sequin提交，具体可参考NCBI网站给的建议，下面是网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/submit-sequence-data/
3.现在发文章都要序列号，你可以先提交，但是要求不要立即释放，可以在几个月或一两年后释放。一般很多人是把有用信息分析完或研究透后才释放。
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萌萌李萌萌
24楼2012-12-14 15:06:56
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普通回帖

alarace

至尊木虫 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

前两天刚上传了一个基因，不过还是感谢LZ分享哈！
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2楼2012-09-27 09:59:06
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guye1

金虫 (小有名气)
楼主好，我想问一下我的序列是对植物的某一叶绿体间隔区未作克隆而直接进行的测序，那么上传时是上传公司测序的原始序列呢还是进行序列比对剪切后的序列？如果是剪切后的序列，有一部分物种的序列是一样的，没有碱基差异了，那该怎么办，不可能就上传一条吧？谢谢
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6楼2012-10-11 07:21:54
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guye1

金虫 (小有名气)
另外就是如果直接上传原始的序列，峰图两端的部分是乱峰不够准确，在我们做分析时是要剪切去的，那么上传时到底是剪切后还是未剪切过的序列呢
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7楼2012-10-11 07:28:35
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涌动的泉

铜虫 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

非常感谢啊，正找着呢
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11楼2012-11-22 11:18:22
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applezhao

金虫 (小有名气)

★ 一星级,一般

你好，我是研一的新手，老板要求我学会上传基因，但是我前两天上传了一个，系统这样回复邮件，We have noticed that some or all of the sequences contain internal stop
codons and/or reading frame shifts (insertions/deletions based on BLAST
similarity search results and/or an alignment).
我问了老师，说序列肯定没问题的，让我自己找哪里出了错，实在找不到了，请帮帮忙，帮我看看我的是哪里的问题啊，谢谢啊
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14楼2012-12-10 10:23:36
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by guye1 at 2012-10-10 11:28:35
另外就是如果直接上传原始的序列，峰图两端的部分是乱峰不够准确，在我们做分析时是要剪切去的，那么上传时到底是剪切后还是未剪切过的序列呢

我提交的都是克隆到载体然后测序，直接测序的结果我觉的应该把两端的乱峰剪去再提交，或者用的引物校正两端的乱峰后再提交。
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16楼2012-12-10 23:22:48
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by applezhao at 2012-12-09 14:23:36
你好，我是研一的新手，老板要求我学会上传基因，但是我前两天上传了一个，系统这样回复邮件，We have noticed that some or all of the sequences contain internal stop
codons and/or reading frame shifts (i ...

方便让我看下你的序列码？
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17楼2012-12-10 23:26:56
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萌萌李萌萌

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢分享，请问如果我需要提交的基因序列大于50Kb,也可以直接用bankit系统吗？
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18楼2012-12-13 15:04:50
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 萌萌李萌萌 at 2012-12-12 19:04:50
感谢分享，请问如果我需要提交的基因序列大于50Kb,也可以直接用bankit系统吗？

可以的，Bankit只对序列的最小长度有要求，你的序列可以用bankit提交。
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19楼2012-12-13 22:28:26
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萌萌李萌萌

金虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by stone2239 at 2012-12-13 22:28:26
可以的，Bankit只对序列的最小长度有要求，你的序列可以用bankit提交。...

谢谢，我看很多文献都是用sequin来提交，请问老师您有关于sequin如何提交的教程吗？
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20楼2012-12-14 11:07:39
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by 萌萌李萌萌 at 2012-12-13 15:07:39
谢谢，我看很多文献都是用sequin来提交，请问老师您有关于sequin如何提交的教程吗？...

http://dl.vmall.com/c023qj7y6t
http://dl.vmall.com/c0e0cw7a6a
这是相关资料在dbank上的外链地址，直接粘贴到地址栏就可以下载了。
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21楼2012-12-14 14:28:42
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by 萌萌李萌萌 at 2012-12-13 15:07:39
谢谢，我看很多文献都是用sequin来提交，请问老师您有关于sequin如何提交的教程吗？...

提交序列少的话还是用bankit方便，如果有大量序列要提交那就一定要用sequin
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22楼2012-12-14 14:30:21
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萌萌李萌萌

金虫 (小有名气)
引用回帖:
22楼: Originally posted by stone2239 at 2012-12-14 14:30:21
提交序列少的话还是用bankit方便，如果有大量序列要提交那就一定要用sequin...

请问，这个序列的多少，是按照什么来区分的呢？是不同序列的多少，还是碱基对的多少？比如说，我需要提交的序列是一个病毒的全基因组序列，需要分析里面的序列组成，那直接用bankit提交的话，是不是仅仅就是一个全序列而已，没有其他的什么信息了，另外，如果我想用这个序列发文章，是不是暂时不要release？
嘿嘿，问了好多问题，因为我是新手，也一直在看这方面的材料，却越看越混乱了~麻烦楼主了~
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23楼2012-12-14 14:41:58
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萌萌李萌萌

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
24楼: Originally posted by stone2239 at 2012-12-14 15:06:56
1.指的是序列的数目不是碱基对多少。
2.像病毒这样的小基因组要用sequin提交，具体可参考NCBI网站给的建议，下面是网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/submit-sequence-data/
3.现在发文章都要序列号， ...

谢谢，提供了很多有效的信息~谢谢你！
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25楼2012-12-14 16:36:19
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wx586

新虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

谢谢，提供了很有用的信息
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32楼2013-03-24 21:21:23
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念碎碎

银虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢，提供了很有用的
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33楼2013-03-25 10:31:33
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黄洁燕

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

老师您们好！请教Feature Table File那个格式是怎么样子的？那个英文说明说得好混乱，没看懂，谢谢各位老师！
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34楼2013-03-25 11:50:21
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
34楼: Originally posted by 黄洁燕 at 2013-03-24 15:50:21
老师您们好！请教Feature Table File那个格式是怎么样子的？那个英文说明说得好混乱，没看懂，谢谢各位老师！

这个我也不是很明白，你可以选后面的一项在线编辑来填写序列特征。即下图中绿色圈中的选项。
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35楼2013-03-25 12:43:52
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黄洁燕

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
35楼: Originally posted by stone2239 at 2013-03-25 12:43:52
这个我也不是很明白，你可以选后面的一项在线编辑来填写序列特征。即下图中绿色圈中的选项。...

好的！感谢老师帮忙~
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36楼2013-03-25 15:55:51
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schkk3楼
2012-09-28 17:08   回复  
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spiritdaisy4楼
2012-09-28 19:55   回复  
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2012-09-30 16:24   回复  
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hesibonnie8楼
2012-10-29 08:56   回复  
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ycky201028楼
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ycky201029楼
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songxuebai30楼
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涣子31楼
2013-01-23 15:30   回复  
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