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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何将Genbank序列导入BEAST或BEAUti软件
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xingdei

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何将Genbank序列导入BEAST或BEAUti软件

我使用ClustalX2将Genbank上下载序列（Fasta）格式转换为NEXUS格式，但是在读入BEAUti时出现问题，显示如下提示：
“Error parsing importedfile:dr.evolution.io.importer$importexception”
有人遇到过类似问题吗？有什么办法可以将Genbank上的序列专为BEAST软件需要的格式？
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1楼 2012-12-05 23:35:56
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xingdei

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-12-06 07:32:42
最大的猜测就是你的NEXUS格式不对。你有没有用文本编辑器打开看过？
实在不确定的话，参照tutorial （比如http://beast.bio.ed.ac.uk/Tutorial_1）自己建个NEXUS文件试试。

谢谢wizardfan版主的指点，按照你说的对比tutorial上的NEXUS文件，确实有差别，因为这是第一次接触这些生物信息相关知识，还是不太明白应该怎么改，你能帮我看看吗？
另外，非专业人士应该从哪儿入手学习这些生物进化分析方面的知识呢？版主有没有什么好建议？
6 genome.fasta(65.75KB)
http://kuai.xunlei.com/d/GYNXEIBSCMNC?p=130497
6 genome.nex(104.82KB)
http://kuai.xunlei.com/d/GMKFSXBECYVX?p=130497
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3楼2012-12-07 17:00:39
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xingdei: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-12-08 11:32:57
最大的猜测就是你的NEXUS格式不对。你有没有用文本编辑器打开看过？
实在不确定的话，参照tutorial （比如http://beast.bio.ed.ac.uk/Tutorial_1）自己建个NEXUS文件试试。
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2楼2012-12-06 07:32:42
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

看天: BioEPI+1 2012-12-08 11:44:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by xingdei at 2012-12-07 17:00:39
谢谢wizardfan版主的指点，按照你说的对比tutorial上的NEXUS文件，确实有差别，因为这是第一次接触这些生物信息相关知识，还是不太明白应该怎么改，你能帮我看看吗？
另外，非专业人士应该从哪儿入手学习这些生物 ...

建议就是熟练使用 搜索引擎，比如google，来解决日常问题，比如你这个问题，是nexus的格式问题，那如果你搜索一下nexus file format，可以得到这个网站http://wiki.christophchamp.com/index.php/NEXUS_file_format
里面就有详细的说明，注意看
Format subcommands
The following are possible formatting subcommands:
    DataType = { standard | DNA | RNA | nucleotide | protein | continuous }
    RespectCase
    Missing
    Gap
    Symbols
    Equate
    MatchChar
    [No]Labels
    Transpose
    Interleave
    Items
    StatesFormat
    [No]Tokens

在你的文件中，用了format missing=? interleave datatype=DNA gap= -;
这样的话，就很明显了，其他的都是 参数=数值 的格式，比如datatype(参数）=DNA（数值），而interleave这个参数没有数值，那改成interleave=true会不会有用呢？
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4楼2012-12-08 07:33:36
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shiy05

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-12-06 07:32:42
最大的猜测就是你的NEXUS格式不对。你有没有用文本编辑器打开看过？
实在不确定的话，参照tutorial （比如http://beast.bio.ed.ac.uk/Tutorial_1）自己建个NEXUS文件试试。

请问版本，我用beast跑出来的ESS非常低，有什么办法吗？是不是model选得不对？
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6楼2014-09-09 17:37:30
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