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xuerongtao

银虫 (小有名气)

[交流] 系统树如何分析

大家好：
    测序是送CCTCC测得，16S rRNA序列。
    序列BLAST后搜到几十株同源性在92%以上的菌株，选取97%以上的10株左右，最高的99%同源性然后借助MEGA5.0，Neighbor-Joining Tree分析法构建系统发育树并通过Bootstrap method 1000，在最终获得发育树，见下图。但是不知道怎么分析，因为写文章不可能就把树摆上完了，我不会专业的分析。求教专家的虫友帮忙分析一下
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做好眼前的东西！
1楼 2014-10-02 10:00:18
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xuerongtao

银虫 (小有名气)
就是这个树
系统树如何分析
AXER0OHOWU43S@KWHFXJ4W2.jpg
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做好眼前的东西！
2楼2014-10-02 10:01:49
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2981249
★
xuerongtao: 金币+1 2014-10-03 08:11:24
3楼2014-10-02 13:20:01
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LifePursuit
★
xuerongtao: 金币+1 2014-10-03 08:11:20
4楼2014-10-02 13:36:02
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lcat

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
xuerongtao: 金币+1 2014-10-03 08:11:17
我觉得也没什么很多要说的吧，就是跟amyloli这个最接近，基本确定自己的菌株是这个种。
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5楼2014-10-02 22:46:58
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xuerongtao

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lcat at 2014-10-02 22:46:58
我觉得也没什么很多要说的吧，就是跟amyloli这个最接近，基本确定自己的菌株是这个种。

我的菌是HP60，是和FZB42是一个种，但是呀你也知道要投高含量的文章，树的分析这块必须一针见血，说服审稿人的思想，说一句与FZB42一个种肯定是不行的
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做好眼前的东西！
6楼2014-10-03 08:14:20
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gjs713

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
xuerongtao: 金币+2 2014-10-03 23:07:54
分析分两部分进行，首先说一下 你的序列跟xxx  xxx的同源性分别为多少%，跟FZB42同源性为多少%，这是blast的结果，说明从中可以看出与FZB42是具有最高的序列同源性的。
其次，根据后续的系统进化分析 进一步验证了该结论，即你的序列与FZB42是在同一个枝上，因此可以推断你的这个菌跟FZB42的种属关系比较接近
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勤奋、执着、专注，则无坚不破。
7楼2014-10-03 19:07:06
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xuerongtao

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gjs713 at 2014-10-03 19:07:06
分析分两部分进行，首先说一下 你的序列跟xxx  xxx的同源性分别为多少%，跟FZB42同源性为多少%，这是blast的结果，说明从中可以看出与FZB42是具有最高的序列同源性的。
其次，根据后续的系统进化分析 进一步验证了 ...

非常感谢虫虫，那就是说BLAST中FZB42同源性为99%，与HP60同源性最高，然后建树后又与FZB42在同一最小分枝，那说明这个结果与BLAST结果一致，得出HP60与FZB42为同一种，是吧
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做好眼前的东西！
8楼2014-10-03 23:10:48
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gjs713

至尊木虫 (职业作家)
★
xuerongtao: 金币+1 2014-10-04 17:37:17
引用回帖:
8楼: Originally posted by xuerongtao at 2014-10-03 23:10:48
非常感谢虫虫，那就是说BLAST中FZB42同源性为99%，与HP60同源性最高，然后建树后又与FZB42在同一最小分枝，那说明这个结果与BLAST结果一致，得出HP60与FZB42为同一种，是吧...

Yes
9楼2014-10-04 10:25:22
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xuerongtao

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by gjs713 at 2014-10-04 10:25:22
Yes...

10楼2014-10-04 17:37:21
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