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1楼2014-02-28 11:57:09

dllchina

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有机的微生物大神

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【答案】应助回帖

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zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2014-02-28 19:25:01

你blast的，还是taxon弄出来的序列，如果你调取了该属所有序列，来构建进化树，不用外群也可以的，外群是参考，但不是绝对。如果选取的话，一般是选取该科典型属典型种的序列做外群即可，其实随意拿个邻近属典型种序列就可以了。

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2楼2014-02-28 13:05:23

sootiey

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我主要是用来做菌种鉴定用的，看其他人发的文章中同属的菌株只有少数几个，多数用的是其他科属的菌株，应该是楼上所说的邻近科属的典型种，谢谢！

3楼2014-02-28 22:35:21

zhaozhibozhi

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【答案】应助回帖

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参考序列应该选择模式菌株或者文献具体描述过的菌株的序列。BLAST结果指导菌株的选择。

做一个阳光、开朗的小和尚

4楼2014-03-01 17:46:55

cocopsm

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同问，在BLAST过程中，如何选择模式菌株呢？选定的模式菌株多少株序列来BLAST比较适宜？

5楼2015-06-14 16:37:01

microbhbu

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6楼2015-06-16 21:49:05