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sootiey

银虫 (小有名气)

[求助] 系统进化树和聚类分析中如何选择的菌株?有图有真相,求解 已有3人参与

请教高手,正在作系统进化树,如果仅仅根据亲源关系的远近选择菌株进行比对,比对的菌株16s的同源性都在95%,而且都是同一个属,这种比对好像不是很有意义,见图,是不是可以选择其他种属的菌株进行比对啊,如何选择?
系统进化树和聚类分析中如何选择的菌株?有图有真相,求解
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sootiey

银虫 (小有名气)

我主要是用来做菌种鉴定用的,看其他人发的文章中同属的菌株只有少数几个,多数用的是其他科属的菌株,应该是楼上所说的邻近科属的典型种,谢谢!
3楼2014-02-28 22:35:21
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2014-02-28 19:25:01
你blast的,还是taxon弄出来的序列,如果你调取了该属所有序列,来构建进化树,不用外群也可以的,外群是参考,但不是绝对。如果选取的话,一般是选取该科典型属典型种的序列做外群即可,其实随意拿个邻近属典型种序列就可以了。
2楼2014-02-28 13:05:23
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
参考序列应该选择模式菌株或者文献具体描述过的菌株的序列。BLAST结果指导菌株的选择。
做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-03-01 17:46:55
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cocopsm

木虫 (正式写手)

同问,在BLAST过程中,如何选择模式菌株呢?选定的模式菌株多少株序列来BLAST比较适宜?
5楼2015-06-14 16:37:01
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