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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 系统进化树和聚类分析中如何选择的菌株？有图有真相，求解
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sootiey

银虫 (小有名气)

[求助] 系统进化树和聚类分析中如何选择的菌株？有图有真相，求解 已有3人参与

请教高手，正在作系统进化树，如果仅仅根据亲源关系的远近选择菌株进行比对，比对的菌株16s的同源性都在95%，而且都是同一个属，这种比对好像不是很有意义，见图，是不是可以选择其他种属的菌株进行比对啊，如何选择？
系统进化树和聚类分析中如何选择的菌株？有图有真相，求解
CZ31.JPG
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1楼 2014-02-28 11:57:09
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sootiey

银虫 (小有名气)
我主要是用来做菌种鉴定用的，看其他人发的文章中同属的菌株只有少数几个，多数用的是其他科属的菌株，应该是楼上所说的邻近科属的典型种，谢谢！
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3楼2014-02-28 22:35:21
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2014-02-28 19:25:01
你blast的，还是taxon弄出来的序列，如果你调取了该属所有序列，来构建进化树，不用外群也可以的，外群是参考，但不是绝对。如果选取的话，一般是选取该科典型属典型种的序列做外群即可，其实随意拿个邻近属典型种序列就可以了。
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2楼2014-02-28 13:05:23
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
参考序列应该选择模式菌株或者文献具体描述过的菌株的序列。BLAST结果指导菌株的选择。
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做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-03-01 17:46:55
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cocopsm

木虫 (正式写手)
同问，在BLAST过程中，如何选择模式菌株呢？选定的模式菌株多少株序列来BLAST比较适宜？
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5楼2015-06-14 16:37:01
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