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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 测序结果不好的序列能够做系统发育树吗？
汕头大学海洋科学接受调剂
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zengsihai

木虫 (小有名气)

iloveemuch

[求助] 测序结果不好的序列能够做系统发育树吗？ 已有2人参与

各位虫友：
     小弟对一株真菌PCR其ITS区，送测序后效果不好，要求是双向测序并且拼接，但是生工告知无法拼接，仅有两条两个方向的测序结果。但是，BLASTN比对有找到相似性，与Fusarium solani相似达99%，可以知道该菌应该是茄镰刀菌了，但是我尝试在NCBI上下载它的一些近似种镰刀菌，拟做一个系统发育树，以期进一步分析它的种属，好提炼一些观点，可是用CLUSTAL X和MEGA6.0，发现待分析序列与下载的已知序列相比，一段一段的，能做出系统发育树吗？
    虫友，象我这种情况，仅有一个方向的序列能够做出系统发育树吗，盼您的指教。
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zengsihai
1楼 2014-09-10 20:22:18
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zengsihai(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-11 09:25:36
这个要看你单向测序的质量，就是看一下峰图，一般只要测序成功，结果的前800个还是比较可信的。是可以用这段序列建树的，不过要从你下载的序列截取出与测序结果相对应的序列，再建树。
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2楼2014-09-10 22:50:37
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zengsihai

木虫 (小有名气)

iloveemuch
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-09-10 22:50:37
这个要看你单向测序的质量，就是看一下峰图，一般只要测序成功，结果的前800个还是比较可信的。是可以用这段序列建树的，不过要从你下载的序列截取出与测序结果相对应的序列，再建树。

但是我的送检的反应物，测出是541bp，可信度如何，可以自己尝试着拼接吗？即使有二聚体，也可以拼接成功吗？
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zengsihai
3楼2014-09-11 06:19:40
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bwangel

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
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zengsihai(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-09-11 09:25:51
99%相似是用什么序列去比的，如果是你测出来的话应该没什么大问题了。不过最好再测一次，如果你做进化树里面有很多99%就可能不准了
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4楼2014-09-11 08:15:44
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zengsihai at 2014-09-11 06:19:40
但是我的送检的反应物，测出是541bp，可信度如何，可以自己尝试着拼接吗？即使有二聚体，也可以拼接成功吗？...

你要扩多大的片段？直接测序还是连载体测序？
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5楼2014-09-11 09:41:43
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zengsihai

木虫 (小有名气)

iloveemuch
引用回帖:
4楼: Originally posted by bwangel at 2014-09-11 08:15:44
99%相似是用什么序列去比的，如果是你测出来的话应该没什么大问题了。不过最好再测一次，如果你做进化树里面有很多99%就可能不准了

将生工公司的测序报告的txt文本，粘贴到NCBI的BLASTN比对的文本框内，点击"BLASTN",弹出一些序列来，选取99%或者100%的进行判定。用真菌的its区进行比对的。
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zengsihai
6楼2014-09-11 10:51:49
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zengsihai

木虫 (小有名气)

iloveemuch
引用回帖:
5楼: Originally posted by stone2239 at 2014-09-11 09:41:43
你要扩多大的片段？直接测序还是连载体测序？...

约650BP片段，直接测序，产物未纯化（是那种短频快式的）,意在鉴定感兴趣的真菌。
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zengsihai
7楼2014-09-11 10:53:32
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bwangel

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

建议还是双向测通拼接最好
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8楼2014-09-11 13:33:12
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