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刘念1993木虫 (正式写手)
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细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。 已有1人参与
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如题，纠结了好久，NCBI BLAST，MEGA6 ，ClustalX2.1，相关的帖子看了很多了，还是没有搞懂。求指导，身边实在找不到做过这个的人了。参考了几篇研究同一属细菌的类似文献，按照里面的方法做还是建立不出来常见的树。标准菌株的序列在NCBI里面只会查全序列，很长，怎么寻找标准菌株的16S rDNA啊。 谢谢！！ |
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zhaozhibozhi
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2楼2014-07-28 21:15:16
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以Acinetobacter baumannii ATCC 17978, complete genome为例，直接打开页面就可以找到“16S ribosomal RNA”处，点击rRNA就可以打开了（图rRNA-complete genome）。 当然，由于标准菌株DSM30007（Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 ）只有WGS序列（非complete genome），可以通过BLAST找到相应片段。过程参考图片（find 16s）。 见到更方便的方法，请分享一下哈  rRNA-complete genome.jpg  find 16s -wgs.jpg |
7楼2014-08-01 14:16:50
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