应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时，关于构建系统发育树的问题。
131/2返回列表12下一页
查看: 2961  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

13611899123

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时，关于构建系统发育树的问题。 已有2人参与

大家好，我碰到的问题是，我有4种未知菌株，PCR扩增后测序已经完成。通过NCBI基因比对后，现在要构建系统发育树。我会做一种菌的系统发育树，请问如何把这4种菌的系统发育树做在一个图片上，就跟附件上的图片一样。谢谢你们了

求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时，关于构建系统发育树的问题。
QQ截图20141028181208.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-10-28 18:27:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ncbi上做blast，找出近似的序列下载下来，和你的四个序列放一起，用mega做树。mega做树的教程网上搜搜很容易找到
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2014-10-28 18:40:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
13611899123: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢各位 2014-10-30 14:02:55
内容已删除
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-10-28 18:49:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

一开始多弄些参比序列，做完树再删掉距离远的、多余的
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2014-10-28 18:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把你的序列发给我，我帮你试试。你看看效果如何再说。我的邮箱:liuhaolin3@163.com

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2014-10-29 00:50:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 13611899123 at 2014-10-28 19:06:24
好的谢谢！我能再请教你一个问题么，就是测序的时候，我测的是双向的。那我NCBI去BLAST的时候 反向的序列也能去比对吧？...

正向、反向都可以
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2014-10-29 09:07:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fayun81

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2014-10-29 14:07:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

13611899123

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-28 18:40:04
ncbi上做blast，找出近似的序列下载下来，和你的四个序列放一起，用mega做树。mega做树的教程网上搜搜很容易找到

你好，我想请教一下。我一共有4个菌株的序列，那我每个比对结果挑几个近似的序列下载？我看网上人家说，做一种菌株的话，挑15个。
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-28 18:48:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

13611899123

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-28 18:51:26
一开始多弄些参比序列，做完树再删掉距离远的、多余的

好的谢谢！我能再请教你一个问题么，就是测序的时候，我测的是双向的。那我NCBI去BLAST的时候 反向的序列也能去比对吧？
赞一下 回复此楼
6楼2014-10-28 19:06:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

13611899123

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuhaolin3 at 2014-10-29 00:50:29
把你的序列发给我，我帮你试试。你看看效果如何再说。我的邮箱:liuhaolin3163.com

已经发送 小弟表示非常感谢！！！
赞一下 回复此楼
10楼2014-10-29 20:33:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 13611899123 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 大佬帮着分析今年的评审意见？该课题连续申请了三年了，明年要不要换个方向。 100+3 cai-11138 2026-08-31 11/550 2026-09-06 20:49 by archvillain
[文学芳草园] 两块石头 +7 阿美_Lml888 2026-09-03 10/500 2026-09-06 20:08 by 阿美_Lml888
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 19:21 by eObJPa4gWmp6
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 6/300 2026-09-06 18:41 by eObJPa4gWmp6
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 6/300 2026-09-06 18:21 by eObJPa4gWmp6
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 6/300 2026-09-06 18:09 by eObJPa4gWmp6
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 17:49 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 9/450 2026-09-06 17:09 by eObJPa4gWmp6
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 8/400 2026-09-06 17:09 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 13:09 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 12:49 by eObJPa4gWmp6
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 7/350 2026-09-06 11:20 by eObJPa4gWmp6
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 8/400 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 7ZYIEW2YWn72 2026-09-04 9/450 2026-09-06 06:00 by E1iiBLMU2XnD
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 CRJ0Aq2FtVH0 2026-09-03 15/750 2026-09-06 05:48 by E1iiBLMU2XnD
[基金申请] 面上没中，邀请各位路过的虫友分析一下分数 +12 jackleilei 2026-09-03 13/650 2026-09-05 18:10 by fireguard
[文学芳草园] 初秋的晨风 +4 阿美_Lml888 2026-09-04 6/300 2026-09-05 13:51 by 阿美_Lml888
[硕博家园] Ei源刊怎么投 +4 Fengshun9711 2026-09-04 4/200 2026-09-04 19:30 by 研途知予
[硕博家园] 哈尔滨工业大学韩晓军教授课题组招收2027年硕士推免生及博士研究生 +3 灯灯灯灯DDDD 2026-09-03 3/150 2026-09-03 21:22 by 科研皮皮猪
[基金申请] 要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭