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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时，关于构建系统发育树的问题。
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13611899123

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时，关于构建系统发育树的问题。 已有2人参与

大家好，我碰到的问题是，我有4种未知菌株，PCR扩增后测序已经完成。通过NCBI基因比对后，现在要构建系统发育树。我会做一种菌的系统发育树，请问如何把这4种菌的系统发育树做在一个图片上，就跟附件上的图片一样。谢谢你们了

求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时，关于构建系统发育树的问题。
QQ截图20141028181208.png
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1楼 2014-10-28 18:27:14
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ncbi上做blast，找出近似的序列下载下来，和你的四个序列放一起，用mega做树。mega做树的教程网上搜搜很容易找到
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2楼2014-10-28 18:40:04
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
13611899123: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢各位 2014-10-30 14:02:55
内容已删除
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4楼2014-10-28 18:49:54
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

一开始多弄些参比序列，做完树再删掉距离远的、多余的
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5楼2014-10-28 18:51:26
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liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把你的序列发给我，我帮你试试。你看看效果如何再说。我的邮箱:liuhaolin3@163.com

[ 发自小木虫客户端 ]
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7楼2014-10-29 00:50:29
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 13611899123 at 2014-10-28 19:06:24
好的谢谢！我能再请教你一个问题么，就是测序的时候，我测的是双向的。那我NCBI去BLAST的时候 反向的序列也能去比对吧？...

正向、反向都可以
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8楼2014-10-29 09:07:23
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fayun81

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2014-10-29 14:07:39
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普通回帖

13611899123

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-28 18:40:04
ncbi上做blast，找出近似的序列下载下来，和你的四个序列放一起，用mega做树。mega做树的教程网上搜搜很容易找到

你好，我想请教一下。我一共有4个菌株的序列，那我每个比对结果挑几个近似的序列下载？我看网上人家说，做一种菌株的话，挑15个。
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3楼2014-10-28 18:48:14
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13611899123

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-28 18:51:26
一开始多弄些参比序列，做完树再删掉距离远的、多余的

好的谢谢！我能再请教你一个问题么，就是测序的时候，我测的是双向的。那我NCBI去BLAST的时候 反向的序列也能去比对吧？
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6楼2014-10-28 19:06:24
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13611899123

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuhaolin3 at 2014-10-29 00:50:29
把你的序列发给我，我帮你试试。你看看效果如何再说。我的邮箱:liuhaolin3163.com

已经发送 小弟表示非常感谢！！！
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10楼2014-10-29 20:33:13
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