应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时，关于构建系统发育树的问题。
131/2返回列表12下一页
查看: 2773  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

13611899123

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时，关于构建系统发育树的问题。 已有2人参与

大家好，我碰到的问题是，我有4种未知菌株，PCR扩增后测序已经完成。通过NCBI基因比对后，现在要构建系统发育树。我会做一种菌的系统发育树，请问如何把这4种菌的系统发育树做在一个图片上，就跟附件上的图片一样。谢谢你们了

求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时，关于构建系统发育树的问题。
QQ截图20141028181208.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-10-28 18:27:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ncbi上做blast，找出近似的序列下载下来，和你的四个序列放一起，用mega做树。mega做树的教程网上搜搜很容易找到
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2014-10-28 18:40:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
13611899123: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢各位 2014-10-30 14:02:55
内容已删除
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-10-28 18:49:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

一开始多弄些参比序列，做完树再删掉距离远的、多余的
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2014-10-28 18:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把你的序列发给我，我帮你试试。你看看效果如何再说。我的邮箱:liuhaolin3@163.com

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2014-10-29 00:50:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 13611899123 at 2014-10-28 19:06:24
好的谢谢！我能再请教你一个问题么，就是测序的时候，我测的是双向的。那我NCBI去BLAST的时候 反向的序列也能去比对吧？...

正向、反向都可以
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2014-10-29 09:07:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fayun81

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2014-10-29 14:07:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

13611899123

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-28 18:40:04
ncbi上做blast，找出近似的序列下载下来，和你的四个序列放一起，用mega做树。mega做树的教程网上搜搜很容易找到

你好，我想请教一下。我一共有4个菌株的序列，那我每个比对结果挑几个近似的序列下载？我看网上人家说，做一种菌株的话，挑15个。
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-28 18:48:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

13611899123

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-28 18:51:26
一开始多弄些参比序列，做完树再删掉距离远的、多余的

好的谢谢！我能再请教你一个问题么，就是测序的时候，我测的是双向的。那我NCBI去BLAST的时候 反向的序列也能去比对吧？
赞一下 回复此楼
6楼2014-10-28 19:06:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

13611899123

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuhaolin3 at 2014-10-29 00:50:29
把你的序列发给我，我帮你试试。你看看效果如何再说。我的邮箱:liuhaolin3163.com

已经发送 小弟表示非常感谢！！！
赞一下 回复此楼
10楼2014-10-29 20:33:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 13611899123 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +6 yexuqing 2026-04-19 7/350 2026-04-23 12:32 by yexuqing
[基金申请] 国自然面上和省基金B类撒花 +18 花田半亩～白 2026-04-21 18/900 2026-04-23 11:31 by 12021227
[考研] 有没有学校收留 +3 蒋昌鹏qtj 2026-04-20 3/150 2026-04-22 20:25 by 学员JpLReM
[考研] 312求调剂 +3 山河似你温柔 2026-04-22 3/150 2026-04-22 20:17 by 学员JpLReM
[考博] 华师大读博 +3 xq83 2026-04-22 5/250 2026-04-22 10:42 by xq83
[论文投稿] 急需审稿人！！！ +3 陆小果画大饼 2026-04-21 3/150 2026-04-21 23:54 by jzy_123456
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 8/400 2026-04-21 16:26 by 啃面包的小书虫
[考研] 295分求调剂 +6 ?要上岸? 2026-04-17 6/300 2026-04-21 08:18 by Equinoxhua
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 申博 +3 Xyyx. 2026-04-18 3/150 2026-04-20 10:44 by YuY66
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭