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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌属种鉴定问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌属种鉴定问题

想请教大家一下，通过16sDNA片段的扩增，测序比对能精确到种吗？之前一直认为是可以的，所以用这种方法鉴定菌株几个月了，可近期发现，序列相似度很高的菌株，菌落形态差好多，不知是我操作问题还是这种鉴定16s鉴定菌种的方法不可靠，求专家指点
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1楼 2013-06-18 15:28:28
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zuihouyizhan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qiaolinkun at 2013-06-18 20:40:29
我也遇到相同的问题，两种菌落形态相差很大的菌，blast结果居然是同种！我尝试使用过不同基因序列库进行检索，结果也不相同。询问专家意见是要结合生化反应与血清学鉴定，blast理论上能精确到亚种，但其序列都是开放 ...

哦，这样呀，可是每株都做生化反应那工作量太多了，我是做细菌多样性的，这样一下子不知咋办了
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3楼2013-06-19 11:11:30
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普通回帖

qiaolinkun

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励发帖应助！ 2013-06-18 20:55:23
zuihouyizhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-19 11:13:40
我也遇到相同的问题，两种菌落形态相差很大的菌，blast结果居然是同种！我尝试使用过不同基因序列库进行检索，结果也不相同。询问专家意见是要结合生化反应与血清学鉴定，blast理论上能精确到亚种，但其序列都是开放性的，不一定都是已发表的序列，可信度不是最高。而且实验时有可能存在片段交叉污染，比如DNA的气溶胶也有可能会对PCR产生一定影响的。
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2楼2013-06-18 20:40:29
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2981249

至尊木虫 (文坛精英)

木有

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zuihouyizhan: 金币+5 2013-06-20 10:41:19
16S太保守,很多时候只有一个它的序列很难定位到种,不能完全区分开同属不同种的细菌,建议楼主再扩一下其他持家基因

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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帅是一种态度
4楼2013-06-19 23:06:29
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WiLi_胖纸

铜虫 (初入文坛)
★
zhangxingc: 金币+1, 鼓励新虫发帖应助，欢迎常到微生物版 2013-06-20 09:02:21
16sDNA片段的扩增结果，直接测序比对结果不全面， 因为最开始跟最末位的20-30个序列的准确性相当低，应做克隆测序，所得结果经行比对，毕竟在论文中克隆测序才是被承认的。。
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5楼2013-06-20 09:01:03
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by WiLi_胖纸 at 2013-06-20 09:01:03
16sDNA片段的扩增结果，直接测序比对结果不全面， 因为最开始跟最末位的20-30个序列的准确性相当低，应做克隆测序，所得结果经行比对，毕竟在论文中克隆测序才是被承认的。。

啊？？？？不是吧，只有克隆测序才被承认？？？？？
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6楼2013-06-20 10:39:26
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 2981249 at 2013-06-19 23:06:29
16S太保守,很多时候只有一个它的序列很难定位到种,不能完全区分开同属不同种的细菌,建议楼主再扩一下其他持家基因

嗯，谢谢你的建议，现在只能这样先往下做的，到时候在回头做持家，哎，各种没时间呀
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7楼2013-06-20 10:41:12
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zlq12

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
16S rDNA序列比对，是不可以鉴定到种的，只能确定细菌的属，然后再做一些其它的生理、生化试验，才能确定所属的种类，楼主可以参考一下发表的有关新种的文章！
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8楼2013-06-21 09:51:06
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见神一笑

木虫 (著名写手)
跟你的菌相似度最高的菌株都是以发表的标准菌株吗？如果不是的，就像楼下所说的，可信度不高。而且下面的同仁说得对，要发表必须要克隆测序，才能得到尽可能长的准确的序列。
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zuihouyizhan
好好努力
9楼2013-06-21 10:18:11
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-06-21 10:18:11
跟你的菌相似度最高的菌株都是以发表的标准菌株吗？如果不是的，就像楼下所说的，可信度不高。而且下面的同仁说得对，要发表必须要克隆测序，才能得到尽可能长的准确的序列。

我只是做个细菌多样性不需要发表新种的，要是每个都做克隆生理生化的话那就太麻烦了，我只是简单的用可培养的方法研究海洋细菌多样性，哎，现在各种纠结，那只能做到属了，还有就是我之前做克隆，片段长度也就是1500bp
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10楼2013-06-23 09:28:16
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