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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌属种鉴定问题
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌属种鉴定问题

想请教大家一下，通过16sDNA片段的扩增，测序比对能精确到种吗？之前一直认为是可以的，所以用这种方法鉴定菌株几个月了，可近期发现，序列相似度很高的菌株，菌落形态差好多，不知是我操作问题还是这种鉴定16s鉴定菌种的方法不可靠，求专家指点
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1楼 2013-06-18 15:28:28
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2981249

至尊木虫 (文坛精英)

木有

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zuihouyizhan: 金币+5 2013-06-20 10:41:19
16S太保守,很多时候只有一个它的序列很难定位到种,不能完全区分开同属不同种的细菌,建议楼主再扩一下其他持家基因

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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帅是一种态度
4楼2013-06-19 23:06:29
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qiaolinkun

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励发帖应助！ 2013-06-18 20:55:23
zuihouyizhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-19 11:13:40
我也遇到相同的问题，两种菌落形态相差很大的菌，blast结果居然是同种！我尝试使用过不同基因序列库进行检索，结果也不相同。询问专家意见是要结合生化反应与血清学鉴定，blast理论上能精确到亚种，但其序列都是开放性的，不一定都是已发表的序列，可信度不是最高。而且实验时有可能存在片段交叉污染，比如DNA的气溶胶也有可能会对PCR产生一定影响的。
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2楼2013-06-18 20:40:29
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qiaolinkun at 2013-06-18 20:40:29
我也遇到相同的问题，两种菌落形态相差很大的菌，blast结果居然是同种！我尝试使用过不同基因序列库进行检索，结果也不相同。询问专家意见是要结合生化反应与血清学鉴定，blast理论上能精确到亚种，但其序列都是开放 ...

哦，这样呀，可是每株都做生化反应那工作量太多了，我是做细菌多样性的，这样一下子不知咋办了
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3楼2013-06-19 11:11:30
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WiLi_胖纸

铜虫 (初入文坛)
★
zhangxingc: 金币+1, 鼓励新虫发帖应助，欢迎常到微生物版 2013-06-20 09:02:21
16sDNA片段的扩增结果，直接测序比对结果不全面， 因为最开始跟最末位的20-30个序列的准确性相当低，应做克隆测序，所得结果经行比对，毕竟在论文中克隆测序才是被承认的。。
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5楼2013-06-20 09:01:03
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