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细菌属种鉴定问题
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| 想请教大家一下,通过16sDNA片段的扩增,测序比对能精确到种吗?之前一直认为是可以的,所以用这种方法鉴定菌株几个月了,可近期发现,序列相似度很高的菌株,菌落形态差好多,不知是我操作问题还是这种鉴定16s鉴定菌种的方法不可靠,求专家指点 |
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3楼2013-06-19 11:11:30
qiaolinkun
银虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励发帖应助! 2013-06-18 20:55:23
zuihouyizhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-19 11:13:40
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zuihouyizhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-19 11:13:40
| 我也遇到相同的问题,两种菌落形态相差很大的菌,blast结果居然是同种!我尝试使用过不同基因序列库进行检索,结果也不相同。询问专家意见是要结合生化反应与血清学鉴定,blast理论上能精确到亚种,但其序列都是开放性的,不一定都是已发表的序列,可信度不是最高。而且实验时有可能存在片段交叉污染,比如DNA的气溶胶也有可能会对PCR产生一定影响的。 |
2楼2013-06-18 20:40:29
2981249
至尊木虫 (文坛精英)
木有
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4楼2013-06-19 23:06:29
5楼2013-06-20 09:01:03













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