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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌种属的鉴定（系统发育树）--急用
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moucheng

金虫 (正式写手)

[求助] 细菌种属的鉴定（系统发育树）--急用

我对筛选的一个菌的16SrRNA测序后，然后建了个系统发育树，但是我的菌在树根的最枝头上（如图），请问这这个菌的种属怎么确定啊？谢谢！

14.jpg



14-2.jpg



[ Last edited by moucheng on 2012-11-20 at 10:56 ]
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1楼 2012-11-20 10:50:10
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zqp9110

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励应助 2012-11-24 16:34:36
顶2楼，另外补充：RDP有时候数据不全，不包含没有单独提交16S序列的菌株信息。注意在NCBI-BLAST的时候不要单独选中16S rRNA gene这一项，应该选Others里的nucleotide collection，这样得到的结果才全！
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BEYOND
6楼2012-11-21 22:31:02
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普通回帖

andywang6137

木虫 (著名写手)
14是你的菌种吗？怎么感觉变成外群了？
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2楼2012-11-20 16:29:02
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莲池梵音

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
moucheng: 金币+3, ★有帮助, 谢谢！ 2012-11-20 23:03:55
zhang8826857: 金币+3, good 2012-11-24 16:34:28
单纯从你的树来看：1外群还有很多选择可改进，2 内群有点稍微盲目了，从你选的种类来看，种类多且都是每个种一个序列，这样固然可以增加种类丰度，但是在建树时却不利形成有效分枝。建议可以选择与Bicallus同一个科内的属或者其他作为外群；内群上每一个种尽量大于一个序列，其次根据相似性，几个有代表性的种，并不是种类越多越好。
PS： 请问你在NCBI进行相似性比对后 有相似性100%或者说大于97%以上的吗？如果有又是什么种类，是哪些种类？这样应该对你确定它是什么 有参考.
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非特约观察员
3楼2012-11-20 22:15:01
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moucheng

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 莲池梵音 at 2012-11-20 22:15:01
单纯从你的树来看：1外群还有很多选择可改进，2 内群有点稍微盲目了，从你选的种类来看，种类多且都是每个种一个序列，这样固然可以增加种类丰度，但是在建树时却不利形成有效分枝。建议可以选择与Bicallus同一个科 ...

谢谢！
NCBI中有相似性大于97%的菌株，但不是模式菌株。我建树现在用的均是模式菌株（我是在RDP数据库中查找的）
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人活在世界上不容易，凡事多看开些，开开心心，快快乐乐，健康长寿
4楼2012-11-20 23:09:17
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moucheng

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by andywang6137 at 2012-11-20 16:29:02
14是你的菌种吗？怎么感觉变成外群了？

14是我筛选的菌株，就是因为变成外群，所以我也不是太明白，想看看别人有没有遇到过这种情况，又是如何处理的
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人活在世界上不容易，凡事多看开些，开开心心，快快乐乐，健康长寿
5楼2012-11-20 23:10:52
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我觉得你的样本序列方向不对，反向互补一下再做树看看。
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7楼2012-11-23 13:40:26
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wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

很明显你的序列弄反了，将此序列反向互补后再次建树！
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8楼2012-11-23 14:16:52
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55晴朗天天

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

群外了， 同意楼上的  反向重新做一次吧
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有梦就有希望！想就有可能！
9楼2012-11-27 14:29:03
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weiyasong

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by wubingqi at 2012-11-23 14:16:52
很明显你的序列弄反了，将此序列反向互补后再次建树！

怎么反向互补？在什么软件里操作，谢谢！
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10楼2012-11-27 15:10:17
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