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moucheng

金虫 (正式写手)

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[求助] 细菌种属的鉴定（系统发育树）--急用

我对筛选的一个菌的16SrRNA测序后，然后建了个系统发育树，但是我的菌在树根的最枝头上（如图），请问这这个菌的种属怎么确定啊？谢谢！

14.jpg

14-2.jpg

[ Last edited by moucheng on 2012-11-20 at 10:56 ]

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人活在世界上不容易，凡事多看开些，开开心心，快快乐乐，健康长寿

1楼 2012-11-20 10:50:10

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moucheng

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引用回帖:

3楼: Originally posted by 莲池梵音 at 2012-11-20 22:15:01
单纯从你的树来看：1外群还有很多选择可改进，2 内群有点稍微盲目了，从你选的种类来看，种类多且都是每个种一个序列，这样固然可以增加种类丰度，但是在建树时却不利形成有效分枝。建议可以选择与Bicallus同一个科 ...

谢谢！
NCBI中有相似性大于97%的菌株，但不是模式菌株。我建树现在用的均是模式菌株（我是在RDP数据库中查找的）