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moucheng主管区长
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[求助]
细菌种属的鉴定（系统发育树）--急用
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我对筛选的一个菌的16SrRNA测序后，然后建了个系统发育树，但是我的菌在树根的最枝头上（如图），请问这这个菌的种属怎么确定啊？谢谢！ 14.jpg  14-2.jpg [ Last edited by moucheng on 2012-11-20 at 10:56 ] |
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moucheng
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4楼2012-11-20 23:09:17
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【答案】应助回帖
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zhang8826857: 金币+3, good 2012-11-24 16:34:28
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单纯从你的树来看：1外群还有很多选择可改进，2 内群有点稍微盲目了，从你选的种类来看，种类多且都是每个种一个序列，这样固然可以增加种类丰度，但是在建树时却不利形成有效分枝。建议可以选择与Bicallus同一个科内的属或者其他作为外群；内群上每一个种尽量大于一个序列，其次根据相似性，几个有代表性的种，并不是种类越多越好。 PS： 请问你在NCBI进行相似性比对后 有相似性100%或者说大于97%以上的吗？如果有又是什么种类，是哪些种类？这样应该对你确定它是什么 有参考. |
3楼2012-11-20 22:15:01
moucheng
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5楼2012-11-20 23:10:52
