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wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by zuihouyizhan at 2013-06-23 09:28:16
我只是做个细菌多样性不需要发表新种的,要是每个都做克隆生理生化的话那就太麻烦了,我只是简单的用可培养的方法研究海洋细菌多样性,哎,现在各种纠结,那只能做到属了,还有就是我之前做克隆,片段长度也就是15 ...

16s一般只能到属,到种需要做一系列生理生化试验,甚至还有杂交等。如果你只是做可培养微生物的多样性,可以用三种方法综合分析,1、16S测序后构建发育树;2、BOXAIR-PCR,理论上是菌株水平;3、16S扩增后,PCR产物用限制性内切酶切分型。供参考!

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

11楼2013-06-24 14:31:31
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465663473

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

16S 并不能鉴定所有的种,比如结核分枝杆菌用16S 就不能 鉴定到种。另外在BLAST和建树时需要注意模式菌株(type strains)的相似度和拓扑结构。一般认为鉴定到属是没有问题的。
12楼2013-06-24 16:12:07
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WiLi_胖纸

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zuihouyizhan at 2013-06-20 10:39:26
啊????不是吧,只有克隆测序才被承认?????...

对的, 所有鉴定微生物的文章中都是必须要做克隆测序的。。
13楼2013-06-24 21:45:26
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by wubingqi at 2013-06-24 14:31:31
16s一般只能到属,到种需要做一系列生理生化试验,甚至还有杂交等。如果你只是做可培养微生物的多样性,可以用三种方法综合分析,1、16S测序后构建发育树;2、BOXAIR-PCR,理论上是菌株水平;3、16S扩增后,PCR产物 ...

谢谢你的建议,很受用
14楼2013-06-27 11:59:58
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by WiLi_胖纸 at 2013-06-24 21:45:26
对的, 所有鉴定微生物的文章中都是必须要做克隆测序的。。...

弱弱的问一句,克隆测序导入的片段长度是多长呀?我之前做克隆也是做的16sRNA
15楼2013-06-27 12:01:42
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WiLi_胖纸

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
15楼: Originally posted by zuihouyizhan at 2013-06-27 12:01:42
弱弱的问一句,克隆测序导入的片段长度是多长呀?我之前做克隆也是做的16sRNA...

我现在也做16S 的 ,克隆测序已经做完了, 一般的长度在1.5kb到  3kb左右吧。。。。。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

16楼2013-07-01 08:44:05
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park841

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

一般就确定到属吧,种的话需要相似度很高才行,好像是97%以上还是多少来着。如果16s是100%相同的话,那也有可能是同一个种的不同的株,微生物一般都说株,不说亚种。同一个种不同株的细菌菌落形态是有可能差别很大的,参见金黄色葡萄球菌等
17楼2013-07-01 22:55:32
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双人余木木

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

据我了解,16S只能到属;菌种鉴定也有考虑16~23S间隔区的。分子+生理生化结合的方法最有说服力。生理生化想省事的话,可以考虑用biolog,很快能出结果,只是需要特定的仪器……
18楼2013-07-01 23:42:55
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
16楼: Originally posted by WiLi_胖纸 at 2013-07-01 08:44:05
我现在也做16S 的 ,克隆测序已经做完了, 一般的长度在1.5kb到  3kb左右吧。。。。。...

要这么长呀,我看有人就扩700bp,你做克隆测序是为了讨论多样性吗?
19楼2013-07-04 12:14:55
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
17楼: Originally posted by park841 at 2013-07-01 22:55:32
一般就确定到属吧,种的话需要相似度很高才行,好像是97%以上还是多少来着。如果16s是100%相同的话,那也有可能是同一个种的不同的株,微生物一般都说株,不说亚种。同一个种不同株的细菌菌落形态是有可能差别很大的 ...

嗯,是的,我测序百分百相同,可菌落形态差好多
20楼2013-07-04 12:15:54
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