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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌属种鉴定问题
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wubingqi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by zuihouyizhan at 2013-06-23 09:28:16
我只是做个细菌多样性不需要发表新种的，要是每个都做克隆生理生化的话那就太麻烦了，我只是简单的用可培养的方法研究海洋细菌多样性，哎，现在各种纠结，那只能做到属了，还有就是我之前做克隆，片段长度也就是15 ...

16s一般只能到属，到种需要做一系列生理生化试验，甚至还有杂交等。如果你只是做可培养微生物的多样性，可以用三种方法综合分析，1、16S测序后构建发育树；2、BOXAIR-PCR，理论上是菌株水平；3、16S扩增后，PCR产物用限制性内切酶切分型。供参考！
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zuihouyizhan
11楼2013-06-24 14:31:31
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465663473

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

16S 并不能鉴定所有的种，比如结核分枝杆菌用16S 就不能 鉴定到种。另外在BLAST和建树时需要注意模式菌株（type strains）的相似度和拓扑结构。一般认为鉴定到属是没有问题的。
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12楼2013-06-24 16:12:07
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WiLi_胖纸

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zuihouyizhan at 2013-06-20 10:39:26
啊？？？？不是吧，只有克隆测序才被承认？？？？？...

对的， 所有鉴定微生物的文章中都是必须要做克隆测序的。。
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13楼2013-06-24 21:45:26
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by wubingqi at 2013-06-24 14:31:31
16s一般只能到属，到种需要做一系列生理生化试验，甚至还有杂交等。如果你只是做可培养微生物的多样性，可以用三种方法综合分析，1、16S测序后构建发育树；2、BOXAIR-PCR，理论上是菌株水平；3、16S扩增后，PCR产物 ...

谢谢你的建议，很受用
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14楼2013-06-27 11:59:58
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by WiLi_胖纸 at 2013-06-24 21:45:26
对的， 所有鉴定微生物的文章中都是必须要做克隆测序的。。...

弱弱的问一句，克隆测序导入的片段长度是多长呀？我之前做克隆也是做的16sRNA
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15楼2013-06-27 12:01:42
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WiLi_胖纸

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by zuihouyizhan at 2013-06-27 12:01:42
弱弱的问一句，克隆测序导入的片段长度是多长呀？我之前做克隆也是做的16sRNA...

我现在也做16S 的 ，克隆测序已经做完了， 一般的长度在1.5kb到  3kb左右吧。。。。。
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zuihouyizhan
16楼2013-07-01 08:44:05
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park841

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

一般就确定到属吧，种的话需要相似度很高才行，好像是97%以上还是多少来着。如果16s是100%相同的话，那也有可能是同一个种的不同的株，微生物一般都说株，不说亚种。同一个种不同株的细菌菌落形态是有可能差别很大的，参见金黄色葡萄球菌等
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17楼2013-07-01 22:55:32
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双人余木木

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

据我了解，16S只能到属；菌种鉴定也有考虑16~23S间隔区的。分子+生理生化结合的方法最有说服力。生理生化想省事的话，可以考虑用biolog，很快能出结果，只是需要特定的仪器……
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18楼2013-07-01 23:42:55
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
16楼: Originally posted by WiLi_胖纸 at 2013-07-01 08:44:05
我现在也做16S 的 ，克隆测序已经做完了， 一般的长度在1.5kb到  3kb左右吧。。。。。...

要这么长呀，我看有人就扩700bp，你做克隆测序是为了讨论多样性吗？
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19楼2013-07-04 12:14:55
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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by park841 at 2013-07-01 22:55:32
一般就确定到属吧，种的话需要相似度很高才行，好像是97%以上还是多少来着。如果16s是100%相同的话，那也有可能是同一个种的不同的株，微生物一般都说株，不说亚种。同一个种不同株的细菌菌落形态是有可能差别很大的 ...

嗯，是的，我测序百分百相同，可菌落形态差好多
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20楼2013-07-04 12:15:54
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