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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)

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[求助] 细菌属种鉴定问题

想请教大家一下，通过16sDNA片段的扩增，测序比对能精确到种吗？之前一直认为是可以的，所以用这种方法鉴定菌株几个月了，可近期发现，序列相似度很高的菌株，菌落形态差好多，不知是我操作问题还是这种鉴定16s鉴定菌种的方法不可靠，求专家指点

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1楼 2013-06-18 15:28:28

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wubingqi

铁杆木虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

引用回帖:

10楼: Originally posted by zuihouyizhan at 2013-06-23 09:28:16
我只是做个细菌多样性不需要发表新种的，要是每个都做克隆生理生化的话那就太麻烦了，我只是简单的用可培养的方法研究海洋细菌多样性，哎，现在各种纠结，那只能做到属了，还有就是我之前做克隆，片段长度也就是15 ...

16s一般只能到属，到种需要做一系列生理生化试验，甚至还有杂交等。如果你只是做可培养微生物的多样性，可以用三种方法综合分析，1、16S测序后构建发育树；2、BOXAIR-PCR，理论上是菌株水平；3、16S扩增后，PCR产物用限制性内切酶切分型。供参考！

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zuihouyizhan

11楼2013-06-24 14:31:31

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qiaolinkun

银虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励发帖应助！ 2013-06-18 20:55:23
zuihouyizhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-19 11:13:40

我也遇到相同的问题，两种菌落形态相差很大的菌，blast结果居然是同种！我尝试使用过不同基因序列库进行检索，结果也不相同。询问专家意见是要结合生化反应与血清学鉴定，blast理论上能精确到亚种，但其序列都是开放性的，不一定都是已发表的序列，可信度不是最高。而且实验时有可能存在片段交叉污染，比如DNA的气溶胶也有可能会对PCR产生一定影响的。

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2楼2013-06-18 20:40:29

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zuihouyizhan

金虫 (小有名气)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by qiaolinkun at 2013-06-18 20:40:29
我也遇到相同的问题，两种菌落形态相差很大的菌，blast结果居然是同种！我尝试使用过不同基因序列库进行检索，结果也不相同。询问专家意见是要结合生化反应与血清学鉴定，blast理论上能精确到亚种，但其序列都是开放 ...

哦，这样呀，可是每株都做生化反应那工作量太多了，我是做细菌多样性的，这样一下子不知咋办了