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细菌属种鉴定问题
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| 想请教大家一下，通过16sDNA片段的扩增，测序比对能精确到种吗？之前一直认为是可以的，所以用这种方法鉴定菌株几个月了，可近期发现，序列相似度很高的菌株，菌落形态差好多，不知是我操作问题还是这种鉴定16s鉴定菌种的方法不可靠，求专家指点 |
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wubingqi
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【答案】应助回帖
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16s一般只能到属，到种需要做一系列生理生化试验，甚至还有杂交等。如果你只是做可培养微生物的多样性，可以用三种方法综合分析，1、16S测序后构建发育树；2、BOXAIR-PCR，理论上是菌株水平；3、16S扩增后，PCR产物用限制性内切酶切分型。供参考！ |
zuihouyizhan11楼2013-06-24 14:31:31
qiaolinkun
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【答案】应助回帖
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amisking: 金币+3, 鼓励发帖应助！ 2013-06-18 20:55:23
zuihouyizhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-19 11:13:40
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zuihouyizhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-06-19 11:13:40
| 我也遇到相同的问题，两种菌落形态相差很大的菌，blast结果居然是同种！我尝试使用过不同基因序列库进行检索，结果也不相同。询问专家意见是要结合生化反应与血清学鉴定，blast理论上能精确到亚种，但其序列都是开放性的，不一定都是已发表的序列，可信度不是最高。而且实验时有可能存在片段交叉污染，比如DNA的气溶胶也有可能会对PCR产生一定影响的。 |
2楼2013-06-18 20:40:29
3楼2013-06-19 11:11:30
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至尊木虫 (文坛精英)
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4楼2013-06-19 23:06:29