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铁虫 (初入文坛)

[求助] 求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时,关于构建系统发育树的问题。 已有2人参与

大家好,我碰到的问题是,我有4种未知菌株,PCR扩增后测序已经完成。通过NCBI基因比对后,现在要构建系统发育树。我会做一种菌的系统发育树,请问如何把这4种菌的系统发育树做在一个图片上,就跟附件上的图片一样。谢谢你们了

求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时,关于构建系统发育树的问题。
QQ截图20141028181208.png
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

一开始多弄些参比序列,做完树再删掉距离远的、多余的
5楼2014-10-28 18:51:26
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
ncbi上做blast,找出近似的序列下载下来,和你的四个序列放一起,用mega做树。mega做树的教程网上搜搜很容易找到
2楼2014-10-28 18:40:04
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13611899123

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-28 18:40:04
ncbi上做blast,找出近似的序列下载下来,和你的四个序列放一起,用mega做树。mega做树的教程网上搜搜很容易找到

你好,我想请教一下。我一共有4个菌株的序列,那我每个比对结果挑几个近似的序列下载?我看网上人家说,做一种菌株的话,挑15个。
3楼2014-10-28 18:48:14
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13611899123

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-28 18:51:26
一开始多弄些参比序列,做完树再删掉距离远的、多余的

好的谢谢!我能再请教你一个问题么,就是测序的时候,我测的是双向的。那我NCBI去BLAST的时候 反向的序列也能去比对吧?
6楼2014-10-28 19:06:24
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