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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。
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刘念1993

木虫 (正式写手)

[求助] 细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。 已有1人参与

如题，纠结了好久，NCBI BLAST，MEGA6 ，ClustalX2.1，相关的帖子看了很多了，还是没有搞懂。求指导，身边实在找不到做过这个的人了。参考了几篇研究同一属细菌的类似文献，按照里面的方法做还是建立不出来常见的树。标准菌株的序列在NCBI里面只会查全序列，很长，怎么寻找标准菌株的16S rDNA啊。
       谢谢！！
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1楼 2014-07-28 21:04:51
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
dllchina: 金币+1, 鼓励应助 2014-07-30 12:53:48
标准菌株请参考http://www.bacterio.net/bacillus.html
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做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-07-28 21:15:16
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刘念1993

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-07-28 21:15:16
标准菌株请参考http://www.bacterio.net/bacillus.html

谢谢，这个网站之前在小木虫里有看过，标准菌株我之前在文献中就找到了，现在想找它的16S rDNA序列，NCBI上下载的是它的全序列，不知道怎么办嘞。
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3楼2014-07-28 21:18:24
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 刘念1993 at 2014-07-28 21:18:24
谢谢，这个网站之前在小木虫里有看过，标准菌株我之前在文献中就找到了，现在想找它的16S rDNA序列，NCBI上下载的是它的全序列，不知道怎么办嘞。...

1. 这个网站里有标准菌株16S序列的链接；
2. NCBI里下载到的是全序列，意思是基因组序列？在序列显示页面，可以选择基因组里任何一个基因的序列的。
3. 构建进化树时，如果是为了说明系统分类，所有参考菌株一般都是选择标准菌株或有文献描述的菌株（分类地位已知）。
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刘念1993
做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-07-30 10:19:50
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刘念1993

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-07-30 10:19:50
1. 这个网站里有标准菌株16S序列的链接；
2. NCBI里下载到的是全序列，意思是基因组序列？在序列显示页面，可以选择基因组里任何一个基因的序列的。
3. 构建进化树时，如果是为了说明系统分类，所有参考菌株一般 ...

请问“在序列显示页面，可以选择基因组里任何一个基因的序列的。”可以说详细一点或者截个图吗，没找到在哪里可以选择。我尝试做了一下，帮忙看一下做的对不对可以吗。
细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。
图片1.png
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5楼2014-07-31 14:05:39
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刘念1993

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-07-30 10:19:50
1. 这个网站里有标准菌株16S序列的链接；
2. NCBI里下载到的是全序列，意思是基因组序列？在序列显示页面，可以选择基因组里任何一个基因的序列的。
3. 构建进化树时，如果是为了说明系统分类，所有参考菌株一般 ...

十分感谢！
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6楼2014-07-31 14:06:39
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
刘念1993: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，终于理清楚了！ 2014-08-02 15:31:57
引用回帖:
5楼: Originally posted by 刘念1993 at 2014-07-31 14:05:39
请问“在序列显示页面，可以选择基因组里任何一个基因的序列的。”可以说详细一点或者截个图吗，没找到在哪里可以选择。我尝试做了一下，帮忙看一下做的对不对可以吗。

图片1.png
...

以Acinetobacter baumannii ATCC 17978, complete genome为例，直接打开页面就可以找到“16S ribosomal RNA”处，点击rRNA就可以打开了（图rRNA-complete genome）。

当然，由于标准菌株DSM30007（Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 ）只有WGS序列（非complete genome），可以通过BLAST找到相应片段。过程参考图片（find 16s）。

见到更方便的方法，请分享一下哈
细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。-1
rRNA-complete genome.jpg


细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。-2
find 16s -wgs.jpg
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做一个阳光、开朗的小和尚
7楼2014-08-01 14:16:50
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迷茫殇梦

新虫 (初入文坛)
原谅菜鸟级别的看不懂，最近也在愁怎么建系统发育树，那些介绍的软件也都不会操作，请会做的帮帮忙16SrDNA已经在NCBI对比过了，可是其他就不会了     我在主题问过了，可是都没有人理我，因为我刚注册，没有金币
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8楼2015-05-05 17:08:36
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刘念1993

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 迷茫殇梦 at 2015-05-05 17:08:36
原谅菜鸟级别的看不懂，最近也在愁怎么建系统发育树，那些介绍的软件也都不会操作，请会做的帮帮忙16SrDNA已经在NCBI对比过了，可是其他就不会了     我在主题问过了，可是都没有人理我，因为我刚注册 ...

你有找到相关的文献看下吗，找一下一般都有的，然后你需要看MEGA的使用说明，百度里面有，挺简单的，我当初也是这样学的。

[ 发自小木虫客户端 ]
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9楼2015-05-06 06:31:49
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lxb456900

银虫 (初入文坛)
内容已删除
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10楼2015-08-28 11:22:08
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