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刘念1993

木虫 (正式写手)

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[求助] 细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。已有1人参与

如题，纠结了好久，NCBI BLAST，MEGA6 ，ClustalX2.1，相关的帖子看了很多了，还是没有搞懂。求指导，身边实在找不到做过这个的人了。参考了几篇研究同一属细菌的类似文献，按照里面的方法做还是建立不出来常见的树。标准菌株的序列在NCBI里面只会查全序列，很长，怎么寻找标准菌株的16S rDNA啊。
谢谢！！

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1楼 2014-07-28 21:04:51

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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

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刘念1993: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，终于理清楚了！ 2014-08-02 15:31:57

引用回帖:

5楼: Originally posted by 刘念1993 at 2014-07-31 14:05:39
请问“在序列显示页面，可以选择基因组里任何一个基因的序列的。”可以说详细一点或者截个图吗，没找到在哪里可以选择。我尝试做了一下，帮忙看一下做的对不对可以吗。

图片1.png
...

以Acinetobacter baumannii ATCC 17978, complete genome为例，直接打开页面就可以找到“16S ribosomal RNA”处，点击rRNA就可以打开了（图rRNA-complete genome）。

当然，由于标准菌株DSM30007（Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 ）只有WGS序列（非complete genome），可以通过BLAST找到相应片段。过程参考图片（find 16s）。

见到更方便的方法，请分享一下哈