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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。
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刘念1993

木虫 (正式写手)

[求助] 细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。 已有1人参与

如题，纠结了好久，NCBI BLAST，MEGA6 ，ClustalX2.1，相关的帖子看了很多了，还是没有搞懂。求指导，身边实在找不到做过这个的人了。参考了几篇研究同一属细菌的类似文献，按照里面的方法做还是建立不出来常见的树。标准菌株的序列在NCBI里面只会查全序列，很长，怎么寻找标准菌株的16S rDNA啊。
       谢谢！！
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1楼 2014-07-28 21:04:51
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刘念1993

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-07-28 21:15:16
标准菌株请参考http://www.bacterio.net/bacillus.html

谢谢，这个网站之前在小木虫里有看过，标准菌株我之前在文献中就找到了，现在想找它的16S rDNA序列，NCBI上下载的是它的全序列，不知道怎么办嘞。
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3楼2014-07-28 21:18:24
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
dllchina: 金币+1, 鼓励应助 2014-07-30 12:53:48
标准菌株请参考http://www.bacterio.net/bacillus.html
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做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-07-28 21:15:16
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 刘念1993 at 2014-07-28 21:18:24
谢谢，这个网站之前在小木虫里有看过，标准菌株我之前在文献中就找到了，现在想找它的16S rDNA序列，NCBI上下载的是它的全序列，不知道怎么办嘞。...

1. 这个网站里有标准菌株16S序列的链接；
2. NCBI里下载到的是全序列，意思是基因组序列？在序列显示页面，可以选择基因组里任何一个基因的序列的。
3. 构建进化树时，如果是为了说明系统分类，所有参考菌株一般都是选择标准菌株或有文献描述的菌株（分类地位已知）。
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刘念1993
做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-07-30 10:19:50
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刘念1993

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-07-30 10:19:50
1. 这个网站里有标准菌株16S序列的链接；
2. NCBI里下载到的是全序列，意思是基因组序列？在序列显示页面，可以选择基因组里任何一个基因的序列的。
3. 构建进化树时，如果是为了说明系统分类，所有参考菌株一般 ...

请问“在序列显示页面，可以选择基因组里任何一个基因的序列的。”可以说详细一点或者截个图吗，没找到在哪里可以选择。我尝试做了一下，帮忙看一下做的对不对可以吗。
细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。
图片1.png
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5楼2014-07-31 14:05:39
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