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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 细菌全基因组测序中不同的scaffold如何处理
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纸鸢花

金虫 (正式写手)

[求助] 细菌全基因组测序中不同的scaffold如何处理

刚刚接触这方面知识，测了一个细菌的精细图，回来后测序公司拼接成18个scaffold，想问问这些scaffold之间是什么关系，可能小的被包含在大的里吗？因为还存在许多gap,我应该如何处理这些scaffold呢？
非常感谢了
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1楼2014-10-27 20:21:38
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2009355147

金虫 (小有名气)
★
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我也是遇到同样问题，和你一起求助。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2014-10-28 19:42:21
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朱多龙

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
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纸鸢花: 金币+1 2014-10-29 12:45:44
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-10-31 23:21:12
不会的，每个Scaffold都是基因组打断后测序拼接的结果。之所以有很多scaffold因为这些序列拼接不到一块了，可能有一些短序列没有测出来。每个scaffold 都是基因组上的一部分。
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3楼2014-10-29 09:02:24
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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纸鸢花: 金币+1 2014-10-29 12:45:56
纸鸢花: 金币+1 2014-10-29 12:46:52
如果两个scaffold是包含关系或者有交集，就会被拼成一个更大的scaffold，因此不会出现那种情况。
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4楼2014-10-29 09:17:50
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纸鸢花

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 朱多龙 at 2014-10-29 09:02:24
不会的，每个Scaffold都是基因组打断后测序拼接的结果。之所以有很多scaffold因为这些序列拼接不到一块了，可能有一些短序列没有测出来。每个scaffold 都是基因组上的一部分。

是基因组的一部分，可是因为较大的Scaffold中存在gap,所以还是有可能把小的包含在里头啊？
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5楼2014-10-29 12:45:40
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纸鸢花

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-29 09:17:50
如果两个scaffold是包含关系或者有交集，就会被拼成一个更大的scaffold，因此不会出现那种情况。

但是中间因为存在gap的缘故，很有可能没有测出包含或交集，这种情况下我们该怎么处理呢
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6楼2014-10-29 12:46:48
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hydzp
7楼2014-10-29 13:10:31
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小花猫阿

新虫 (小有名气)
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-10-30 11:30:49
基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。
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8楼2014-10-29 13:36:42
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朱多龙

木虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
6楼: Originally posted by 纸鸢花 at 2014-10-29 12:46:48
但是中间因为存在gap的缘故，很有可能没有测出包含或交集，这种情况下我们该怎么处理呢...

哈哈，这种就没办法了，现在即使是精细genome测序也不能完全测出所有的序列。其实这不会影响你对相关基因序列的使用的。放心吧！
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9楼2014-10-29 18:29:46
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Bio_in

铜虫 (初入文坛)
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kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2014-10-30 11:30:57
首先，你需要理解基因组组装的名词解释Reads、Contig和Scaffold.
测序仪下机后的序列就是reads，reads通过overlap关系，组装成Contig。
contig内部是没有gap的，contig与contig之间通过mate-pair 库确定顺序，通过关系，将contig链接成scaffold，scaffold里面的contig与contig之间一般是由gap的，如果通过reads能填上，就少一些gap。但一般scaffold与scaffold之间的关系是不知道的，scaffold与scaffold之间的gap也是不知道的。你现在有18个scaffold，应该也覆盖了基因组的大部分，你完全可以用这个精细图进行基因预测和注释。
关键是你测序的目的，出于不同的目的，数据的分析方案也是不一样的。
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10楼2014-10-29 20:55:10
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