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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 基因组测序结果问题
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mochenmi

铜虫 (小有名气)

[求助] 基因组测序结果问题 已有2人参与

我这有一个真菌的基因组测序结果（华大测的），里面有很多文件夹（Assembly，Genome_Component，Genome_Function等等）。
      之前通过转录组测序，公司给了一些假定有用的基因序列，我设计引物后也扩增出来了这些片段，测序后与公司给出的序列比对完全正确，所以序列本身应该没有问题。    现在问题是，现在我想在基因组测序结果中找到这些功能基因序列，可是怎么找也找不到，到底该如何找？（PS:我的方法是把Assembly里的一个contigs文件夹和一个scaffold文件夹放在一个数据库，再把待寻找的片段序列在数据库里搜索，但是都未发现）。
      基因组分析高手快来救场~~~
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1楼 2014-04-15 20:30:33
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无启

木虫 (正式写手)
我觉得是测序的时候有的是正向有的是反向，也就是反向互补，所以直接找不到吧。
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志存高远，脚踏实地。
2楼2014-04-16 09:18:39
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悠悠zhang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
mochenmi(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-16 19:30:40
放在mega里，然后clustal W

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2014-04-16 10:39:28
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mochenmi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 无启 at 2014-04-16 09:18:39
我觉得是测序的时候有的是正向有的是反向，也就是反向互补，所以直接找不到吧。

我把反向，互补，反向互补都试过了。都没有~
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4楼2014-04-17 09:22:56
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mochenmi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 悠悠zhang at 2014-04-16 10:39:28
放在mega里，然后clustal W

我的基因组数据怎么弄到mega里？不会改格式。
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5楼2014-04-17 09:38:09
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悠悠zhang

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

不知道基因组数据啥格式，不过应该可以记事本格式打开吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2014-04-18 04:22:15
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yyll1988

银虫 (正式写手)
本地blast下

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2014-04-22 00:04:54
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

本地blast，以华大给你的contig和scaffold文件建立database，以你需要查找的基因为query

不过华大没给你注释的gff文件么？
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8楼2014-04-22 10:42:55
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