应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 紧急求助5‘RACE（测序结果问题）
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
111/2返回列表12下一页
查看: 1627  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wushuwei1104

银虫 (小有名气)

[求助] 紧急求助5‘RACE（测序结果问题）

鄙人最近在做5’RACE，用的是Clontech的SMARTer RACE cDNA Amlification Kit试剂盒。巢式PCR玩切胶回收，纯化测序，测序结果是这样子的：出来一个100多得片段，经过同源比对，发现这个片段比其他物种的基因片段5‘端少20左右bp，但是在测出的片段中巢式前、后特异性引物都是有的。   就想请教一下：1，巢式PCR前、后特异性引物都能找到，但是片段比同源植物的基因片段5’端小20bp，有可能是在做5‘RACE前，提取的RNA在5’末端稍有降解，导致反转录出的片段不是完整的片段？  2、有没有可能这个植物中的这个基因片段就是比其他同源植物中的该基因片段小？  
  谢谢各位大侠！！！  小弟在此谢过！！！  急-------
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
勤能补拙
1楼 2012-09-14 10:02:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的基因5‘端测序只有200多bp，那就是你最开始设计引物的序列靠近5’端。既然你现在还缺20bp左右，你可以根据现在的两个片段拼接之后的序列，重新设计引物，再次做PCR扩增，如果没有得到更长的序列就可以考虑：你的基因片段比其他同源植物中的该基因片段小。以上纯属个人观点，仅供参考！
赞一下 回复此楼
持之以恒、永不放弃！
2楼2012-09-14 10:14:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wushuwei1104

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gwd0312 at 2012-09-14 10:14:22
你的基因5‘端测序只有200多bp，那就是你最开始设计引物的序列靠近5’端。既然你现在还缺20bp左右，你可以根据现在的两个片段拼接之后的序列，重新设计引物，再次做PCR扩增，如果没有得到更长的序列就可以考虑：你的 ...

谢谢，有没有更好的建议或看法，因为鄙人快要毕业了！
赞一下 回复此楼
勤能补拙
3楼2012-09-14 10:46:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by wushuwei1104 at 2012-09-14 10:46:02
谢谢，有没有更好的建议或看法，因为鄙人快要毕业了！...

有没有你需要的物种中该基因的EST序列，有的话可以试着将5‘端拼接起来。没有那你就只能继续P，继续测序了。
赞一下 回复此楼
持之以恒、永不放弃！
4楼2012-09-14 11:05:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wushuwei1104

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gwd0312 at 2012-09-14 11:05:27
有没有你需要的物种中该基因的EST序列，有的话可以试着将5‘端拼接起来。没有那你就只能继续P，继续测序了。...

没有呀！！悲剧的实验！
赞一下 回复此楼
勤能补拙
5楼2012-09-14 11:07:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wushuwei1104: 金币+3, ★有帮助 2012-09-14 11:23:40
引用回帖:
5楼: Originally posted by wushuwei1104 at 2012-09-14 11:07:48
没有呀！！悲剧的实验！...

那你也不要灰心，顺利的话你一周就可以搞定5’端全序列。祝好运！
赞一下 回复此楼
持之以恒、永不放弃！
6楼2012-09-14 11:11:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wushuwei1104

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gwd0312 at 2012-09-14 11:11:21
那你也不要灰心，顺利的话你一周就可以搞定5’端全序列。祝好运！...

谢谢哥们儿！！！
回复此楼
勤能补拙
7楼2012-09-14 11:23:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dayulee

木虫 (正式写手)

愚木虫
你不是克隆测序？如果是克隆测序出来时这样结果：有可能是5‘有降解，不是克隆测序的话，直接产物测序那极有可能是序列读序问题了。当然每种物种也有特列，比如像你所说的是比其他物种少几十bp，但是如果这个序列在大多数物种都相对稳定的话，最终我觉得还是RNA有一点点降解，恰好5’结头连在这样的RNA上了。一定要进行克隆测序哦！
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上
8楼2012-09-17 09:44:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wushuwei1104

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by dayulee at 2012-09-17 09:44:24
你不是克隆测序？如果是克隆测序出来时这样结果：有可能是5‘有降解，不是克隆测序的话，直接产物测序那极有可能是序列读序问题了。当然每种物种也有特列，比如像你所说的是比其他物种少几十bp，但是如果这个序列在 ...

我的是PCR产物纯化测序，没有经过克隆！  谢谢您的帮忙，我也觉得可能是RNA5‘端有降解，看来又要重做了！！悲剧----   不管怎样，谢谢您！！
赞一下 回复此楼
勤能补拙
9楼2012-09-17 18:32:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dayulee

木虫 (正式写手)

愚木虫
克隆测序可以保证获得序列全长，产物直接测序开始的一部分序列是读不全或读不准确的，先克隆测序一下吧。重做5'那么麻烦
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上
10楼2012-09-18 09:17:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wushuwei1104 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工371求调剂 +10 陪琳看海 2026-04-04 11/550 2026-04-05 15:26 by luoyongfeng
[考研] 一志愿江南大学085501机械工程专硕326分，本科佳木斯大学 +5 顾若浮生 2026-04-03 9/450 2026-04-05 09:57 by 1753564080
[考研] 求 +5 化工专硕323分 2026-04-04 5/250 2026-04-05 08:02 by 544594351
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-02 13/650 2026-04-04 23:10 by 无际的草原
[考研] 一志愿安徽某211 0703化学总分339求调剂 +6 晚风不晚 2026-04-04 6/300 2026-04-04 20:11 by dongzh2009
[考研] 331求调剂 +3 niby 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:56 by 蓝云思雨
[考研] 368求调剂 +5 今华习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 18:47 by imissbao
[考研] 化学308分调剂 +23 你好明天你好 2026-03-30 24/1200 2026-04-04 18:29 by macy2011
[考研] 283分材料与化工求调剂 +29 罗KAKA 2026-04-02 29/1450 2026-04-03 23:56 by userper
[考研] 310求调剂 +18 争取九点睡 2026-03-30 18/900 2026-04-03 18:35 by ls刘帅
[考研] 266分，求材料相关专业调剂 +13 哇呼哼呼哼 2026-03-30 15/750 2026-04-03 15:24 by arrow8852
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:06 by arrow8852
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +9 哇呼哼呼哼 2026-04-02 9/450 2026-04-03 12:05 by 1753564080
[考研] 调剂 +3 osbbx 2026-04-02 3/150 2026-04-03 07:47 by cc8418
[考研] 085600，320分求调剂 +6 大馋小子 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:54 by dongzh2009
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-04-02 4/200 2026-04-02 09:52 by yulian1987
[考研] 284求调剂 +12 小熊～～ 2026-03-31 12/600 2026-04-01 20:23 by 花??
[考研] 求调剂，一志愿北林食品与营养095500，301分，已过六级，有科研经历 +4 快乐储蓄罐 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:26 by JourneyLucky
[考博] 材料专业申博 +5 杜雨婷dyt 2026-03-29 5/250 2026-03-31 11:19 by oooqiao
[考研] 11408总分309，一志愿东南大学求调剂，不挑专业 +5 天赋带到THU 2026-03-29 6/300 2026-03-30 20:49 by dick_runner
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭