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xu19850927

银虫 (小有名气)


[交流] 【求助】关于测序后序列对比的问题

我最近做的课题是扩增人的基因组DNA,然后测序,现在已经得到测序的结果,请问最常规对比序列寻找SNP的方法是什么?有人说用Blast,或者看峰图,有没有做过这方面的实验的解答一下,多谢
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haitian0625

金虫 (小有名气)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
lstt09nk(金币+2): 鼓励交流,欢迎常来 2011-04-18 11:27:23
xu19850927(金币+5): 谢谢 2011-04-23 11:34:37
你说的两个都行,第一个就是BLAST后看不同碱基的地方;第二个就是峰图上某个碱基的位置,出现上、下两个峰,就是SNP了。
2楼2011-04-18 08:58:20
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xiadongliang

金虫 (正式写手)


★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
lstt09nk(金币+1): 感谢推荐,希望对楼主有所帮助~~ 2011-04-18 11:27:45
xu19850927(金币+5): 谢谢 2011-04-23 11:35:42
CodonCode Aligner
这个软件相当好用。
3楼2011-04-18 10:40:23
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xu19850927

银虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by xu19850927 at 2011-04-17 20:11:04:
我最近做的课题是扩增人的基因组DNA,然后测序,现在已经得到测序的结果,请问最常规对比序列寻找SNP的方法是什么?有人说用Blast,或者看峰图,有没有做过这方面的实验的解答一下,多谢

再细问一下,用blast要注意什么?难道只要不一样的位点就是SNP?怎么来验证一下
4楼2011-04-23 11:35:22
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wqj1988926

金虫 (正式写手)


占楼备用吧
5楼2011-04-24 12:26:31
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lxyconan

新虫 (初入文坛)


直接用dnaman呗
6楼2012-12-10 18:18:48
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