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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

[交流] 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？

求指点啊：我扩了A属（用的是A属下的单一种做的）的18S、28S和ITS(ITS1+5.8S+ITS2)这三段基因，得到序列后到NCBI里blast。
结果：18S比对出了A属的信息；
           28S没有比对出A属，而是比对出B属的信息，已知A、B是一个科的
           ITS blast后显示：No significant similarity found。
之前怀疑是测序出错，换公司把28S和ITS 重测之后，测序结果98%一致，当然blast结果也一样。
后又查文献，还没有明确找到A属有做28S和ITS的，B属做28S的很多。这三段基因在我所做的这个门、不同属都有做的，但每个属可能只做其中某几段（当然可能是我文献查的不全）。
鉴于我上述情况，求各位高手指点可能的原因是什么啊？
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1楼 2013-12-05 09:05:13
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-05 21:01:41
既然A属的28S没人做过明确的结果
那就把blast的分值降下来
另外不要用高级blast 就用最基本的那个BLASTn
后面那些blast要利用到进一步的annotation 而且数据库有限
你这个连基本序列都没人做过 就不要用什么mega之类的了
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4楼2013-12-05 09:40:41
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lm2570

木虫 (正式写手)
★ ★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 21:01:49
是合理的啊，A属没有明确做28S的，自然BLAST不到

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2楼2013-12-05 09:09:57
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三蛰

铜虫 (小有名气)
★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
楼上说的对
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7楼2013-12-05 10:05:44
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不叶珏

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 21:01:56
就是说 NCBI 上暂时没有与你序列相似的序列
没人提交相关序列 你自然找不到match了
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9楼2013-12-05 10:32:05
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
如果真是这样 反倒能放心了 多谢各位指点
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11楼2013-12-05 17:59:37
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萝卜青菜81

新虫 (初入文坛)
★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
我觉得可能就是你说的，你这个种的即可能没有测基因组，也没有测28S和ITS，所以数据库里没有相关序列，导致比对不上。我目前也遇到了相似的问题，真的是奇怪了。我300bp的序列，后面50bp比对上某个物种，前面的250bp什么也没有比对上，引物还是特异性的，如果非特异性扩增到未注释的序列，那也不应该有后面50bp能比对上，头都疼了。
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13楼2018-04-15 00:08:32
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萝卜青菜81

新虫 (初入文坛)
我觉得可能就是你说的，你这个种的即可能没有测基因组，也没有测28S和ITS，所以数据库里没有相关序列，导致比对不上。我目前也遇到了相似的问题，真的是奇怪了。我300bp的序列，后面50bp比对上某个物种，前面的250bp什么也没有比对上，引物还是特异性的，如果非特异性扩增到未注释的序列，那也不应该有后面50bp能比对上，头都疼了。
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14楼2018-04-15 00:09:44
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neu2343楼
2013-12-05 09:34   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
会飞的乌龟--5楼
2013-12-05 09:58   回复  
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haixiawu6楼
2013-12-05 10:00   回复  
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wlxiao8楼
2013-12-05 10:10   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
hongdounv7710楼
2013-12-05 10:53   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
1 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
yiloutingyu12楼
2013-12-06 23:17   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
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