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为什么测得的序列在NCBI里blast不出来?
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柠檬可乐星
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[交流]
为什么测得的序列在NCBI里blast不出来?
求指点啊:我扩了A属(用的是A属下的单一种做的)的18S、28S和ITS(ITS1+5.8S+ITS2)这三段基因,得到序列后到NCBI里blast。
结果:18S比对出了A属的信息;
28S没有比对出A属,而是比对出B属的信息,已知A、B是一个科的
ITS blast后显示:No significant similarity found。
之前怀疑是测序出错,换公司把28S和ITS 重测之后,测序结果98%一致,当然blast结果也一样。
后又查文献,还没有明确找到A属有做28S和ITS的,B属做28S的很多。这三段基因在我所做的这个门、不同属都有做的,但每个属可能只做其中某几段(当然可能是我文献查的不全)。
鉴于我上述情况,求各位高手指点可能的原因是什么啊?
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2013-12-05 09:05:13
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我觉得可能就是你说的,你这个种的即可能没有测基因组,也没有测28S和ITS,所以数据库里没有相关序列,导致比对不上。我目前也遇到了相似的问题,真的是奇怪了。我300bp的序列,后面50bp比对上某个物种,前面的250bp什么也没有比对上,引物还是特异性的,如果非特异性扩增到未注释的序列,那也不应该有后面50bp能比对上,头都疼了。
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13楼
2018-04-15 00:08:32
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我觉得可能就是你说的,你这个种的即可能没有测基因组,也没有测28S和ITS,所以数据库里没有相关序列,导致比对不上。我目前也遇到了相似的问题,真的是奇怪了。我300bp的序列,后面50bp比对上某个物种,前面的250bp什么也没有比对上,引物还是特异性的,如果非特异性扩增到未注释的序列,那也不应该有后面50bp能比对上,头都疼了。
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2018-04-15 00:09:44
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