24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2268.5
帖子: 250
在线: 48.1小时
虫号: 2414119

[交流] 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？

求指点啊：我扩了A属（用的是A属下的单一种做的）的18S、28S和ITS(ITS1+5.8S+ITS2)这三段基因，得到序列后到NCBI里blast。
结果：18S比对出了A属的信息；
28S没有比对出A属，而是比对出B属的信息，已知A、B是一个科的
ITS blast后显示：No significant similarity found。
之前怀疑是测序出错，换公司把28S和ITS 重测之后，测序结果98%一致，当然blast结果也一样。
后又查文献，还没有明确找到A属有做28S和ITS的，B属做28S的很多。这三段基因在我所做的这个门、不同属都有做的，但每个属可能只做其中某几段（当然可能是我文献查的不全）。
鉴于我上述情况，求各位高手指点可能的原因是什么啊？

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

SOS，求助，NCBI上引物比对问题已经有6人回复
NCBI在线Blast的图文说明已经有13人回复
转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答已经有5人回复
在NCBI里搜索到a基因多条序列，如何确定该基因的序列？已经有9人回复
关于T载体连接验证后测序不对已经有3人回复
递交新序列到NCBI遇到的问题求解惑。已经有4人回复
NCBI序列比对问题已经有6人回复
Blast 细菌比对各种疑问，求解已经有4人回复
求助测序得到条带NCBI上没有同源序列已经有8人回复
NCBI BLAST的应用已经有9人回复
NCBI blast 序列比对遇到的问题已经有4人回复
现在大家比对序列除了NCBI还有用哪些网站？已经有11人回复
请问：NCBI Blast里得出的序列的 e value是什么意思？已经有7人回复
想要设计引物可是NCBI中blast后只有蛋白序列如何得到基因序列谢谢啊已经有15人回复
用PCR扩增后的DNA如何测序？不能直接用PCR就知道是什么菌种之类的吧？已经有6人回复
【教程】NCBI、blast相关教程已经有233人回复
菜鸟求助——着急求助解答：在NCBI上为什么下载不了FASTA格式的基因序列已经有9人回复
NCBI中的BLAST使用已经有12人回复
NCBI中新序列的登录号怎么获取？已经有9人回复
【求助/交流】怎样提交序列到NCBI上已经有9人回复
【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？已经有13人回复
NCBI blast 结果一些参数的含义求高手指点已经有12人回复
【分享】在NCBI上使用BLAST等工具的心得【已搜索无重复】已经有58人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2013-12-05 09:05:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

萝卜青菜81

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 4.8
帖子: 4
在线: 3.8小时
虫号: 5114881

我觉得可能就是你说的，你这个种的即可能没有测基因组，也没有测28S和ITS，所以数据库里没有相关序列，导致比对不上。我目前也遇到了相似的问题，真的是奇怪了。我300bp的序列，后面50bp比对上某个物种，前面的250bp什么也没有比对上，引物还是特异性的，如果非特异性扩增到未注释的序列，那也不应该有后面50bp能比对上，头都疼了。