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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

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[交流] 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？

求指点啊：我扩了A属（用的是A属下的单一种做的）的18S、28S和ITS(ITS1+5.8S+ITS2)这三段基因，得到序列后到NCBI里blast。
结果：18S比对出了A属的信息；
28S没有比对出A属，而是比对出B属的信息，已知A、B是一个科的
ITS blast后显示：No significant similarity found。
之前怀疑是测序出错，换公司把28S和ITS 重测之后，测序结果98%一致，当然blast结果也一样。
后又查文献，还没有明确找到A属有做28S和ITS的，B属做28S的很多。这三段基因在我所做的这个门、不同属都有做的，但每个属可能只做其中某几段（当然可能是我文献查的不全）。
鉴于我上述情况，求各位高手指点可能的原因是什么啊？

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1楼2013-12-05 09:05:13

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萝卜青菜81

新虫 (初入文坛)

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我觉得可能就是你说的，你这个种的即可能没有测基因组，也没有测28S和ITS，所以数据库里没有相关序列，导致比对不上。我目前也遇到了相似的问题，真的是奇怪了。我300bp的序列，后面50bp比对上某个物种，前面的250bp什么也没有比对上，引物还是特异性的，如果非特异性扩增到未注释的序列，那也不应该有后面50bp能比对上，头都疼了。