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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » NCBI BLAST的应用
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finesand

铜虫 (小有名气)

[求助] NCBI BLAST的应用

Basic BLAST 部分有个Entrez Query 可以对比对结果进行适当的限制，具体如何限制，在什么情况下要限制，大家可以解释下吗，我刚刚接触这部分知识，但是时间比较紧，不是很懂帮助上的解释和例子，请大家帮帮忙！O(∩_∩)O谢谢！
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1楼 2013-01-22 14:25:46
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梦玲生物医学

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你把你要做的具体例子拿出来，没有具体实际例子不好讲。
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2楼2013-01-23 03:28:31
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robertorun

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
finesand: 金币+1, ★有帮助, O(∩_∩)O谢谢 2013-02-15 23:34:58
好比你只搜索某个物种的，就可以限制organism
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3楼2013-01-23 09:35:27
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finesand

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 梦玲生物医学 at 2013-01-23 03:28:31
你把你要做的具体例子拿出来，没有具体实际例子不好讲。

是这样的，我想比对的是鸟类的DNA序列，当Choose Search Set的Database选择others后下面的选项应该怎样设置呢？顺便问下上面的Align two or more sequences 是干什么用的，我现在是有很多个样品的DNA序列（cytb那个区域，全测序，其中起始端出现不规则套峰），要建树的话，是一个一个地比对，找出每个序列的相似序列，然后综合这些相似的序列来建树吗？不好意思啦！本人菜鸟一个，问的问题可能不专业，多多见谅，先谢了！
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4楼2013-01-23 09:48:10
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finesand

铜虫 (小有名气)
额，我的最终目的是想区分每个样品是那种鸟类
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5楼2013-01-23 10:10:26
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finesand

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by robertorun at 2013-01-23 09:35:27
好比你只搜索某个物种的，就可以限制organism

organism应该输入拉丁属名吗？这样的话是不是只与该属的已知DNA序列比对，如果不输入的话，是不是也会优先对比该属呢？
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6楼2013-01-23 10:15:45
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finesand

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by finesand at 2013-01-23 10:10:26
额，我的最终目的是想区分每个样品是那种鸟类

是哪种鸟类!打错了。
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7楼2013-01-23 10:39:30
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哈哈大姑爷
8楼2013-01-23 21:51:39
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robertorun

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by finesand at 2013-01-23 10:15:45
organism应该输入拉丁属名吗？这样的话是不是只与该属的已知DNA序列比对，如果不输入的话，是不是也会优先对比该属呢？...

输入肯定是只比对该属的；不输入，不会优先，他优先的E-value低的和分数低的！
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9楼2013-01-24 09:23:33
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finesand

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by robertorun at 2013-01-24 09:23:33
输入肯定是只比对该属的；不输入，不会优先，他优先的E-value低的和分数低的！...

按分数由高到低排列的哦
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2013-01-24 09:28:36
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