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finesand

铜虫 (小有名气)

[求助] NCBI BLAST的应用

Basic BLAST 部分有个Entrez Query 可以对比对结果进行适当的限制,具体如何限制,在什么情况下要限制,大家可以解释下吗,我刚刚接触这部分知识,但是时间比较紧,不是很懂帮助上的解释和例子,请大家帮帮忙!O(∩_∩)O谢谢!
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梦玲生物医学

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你把你要做的具体例子拿出来,没有具体实际例子不好讲。
2楼2013-01-23 03:28:31
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robertorun

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
finesand: 金币+1, 有帮助, O(∩_∩)O谢谢 2013-02-15 23:34:58
好比你只搜索某个物种的,就可以限制organism
3楼2013-01-23 09:35:27
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finesand

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 梦玲生物医学 at 2013-01-23 03:28:31
你把你要做的具体例子拿出来,没有具体实际例子不好讲。

是这样的,我想比对的是鸟类的DNA序列,当Choose Search Set的Database选择others后下面的选项应该怎样设置呢?顺便问下上面的Align two or more sequences 是干什么用的,我现在是有很多个样品的DNA序列(cytb那个区域,全测序,其中起始端出现不规则套峰),要建树的话,是一个一个地比对,找出每个序列的相似序列,然后综合这些相似的序列来建树吗?不好意思啦!本人菜鸟一个,问的问题可能不专业,多多见谅,先谢了!
4楼2013-01-23 09:48:10
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finesand

铜虫 (小有名气)

额,我的最终目的是想区分每个样品是那种鸟类
5楼2013-01-23 10:10:26
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finesand

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by robertorun at 2013-01-23 09:35:27
好比你只搜索某个物种的,就可以限制organism

organism应该输入拉丁属名吗?这样的话是不是只与该属的已知DNA序列比对,如果不输入的话,是不是也会优先对比该属呢?
6楼2013-01-23 10:15:45
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finesand

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by finesand at 2013-01-23 10:10:26
额,我的最终目的是想区分每个样品是那种鸟类

是哪种鸟类!打错了。
7楼2013-01-23 10:39:30
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8楼2013-01-23 21:51:39
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robertorun

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by finesand at 2013-01-23 10:15:45
organism应该输入拉丁属名吗?这样的话是不是只与该属的已知DNA序列比对,如果不输入的话,是不是也会优先对比该属呢?...

输入肯定是只比对该属的;不输入,不会优先,他优先的E-value低的和分数低的!
9楼2013-01-24 09:23:33
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finesand

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by robertorun at 2013-01-24 09:23:33
输入肯定是只比对该属的;不输入,不会优先,他优先的E-value低的和分数低的!...

按分数由高到低排列的哦
10楼2013-01-24 09:28:36
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