应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？
141/1返回列表
查看: 7206  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

[交流] 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？

求指点啊：我扩了A属（用的是A属下的单一种做的）的18S、28S和ITS(ITS1+5.8S+ITS2)这三段基因，得到序列后到NCBI里blast。
结果：18S比对出了A属的信息；
           28S没有比对出A属，而是比对出B属的信息，已知A、B是一个科的
           ITS blast后显示：No significant similarity found。
之前怀疑是测序出错，换公司把28S和ITS 重测之后，测序结果98%一致，当然blast结果也一样。
后又查文献，还没有明确找到A属有做28S和ITS的，B属做28S的很多。这三段基因在我所做的这个门、不同属都有做的，但每个属可能只做其中某几段（当然可能是我文献查的不全）。
鉴于我上述情况，求各位高手指点可能的原因是什么啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-12-05 09:05:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-05 21:01:41
既然A属的28S没人做过明确的结果
那就把blast的分值降下来
另外不要用高级blast 就用最基本的那个BLASTn
后面那些blast要利用到进一步的annotation 而且数据库有限
你这个连基本序列都没人做过 就不要用什么mega之类的了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-12-05 09:40:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lm2570

木虫 (正式写手)
★ ★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 21:01:49
是合理的啊，A属没有明确做28S的，自然BLAST不到

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-12-05 09:09:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三蛰

铜虫 (小有名气)
★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
楼上说的对
回复此楼
7楼2013-12-05 10:05:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

不叶珏

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 21:01:56
就是说 NCBI 上暂时没有与你序列相似的序列
没人提交相关序列 你自然找不到match了
赞一下 回复此楼
9楼2013-12-05 10:32:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
如果真是这样 反倒能放心了 多谢各位指点
赞一下 回复此楼
11楼2013-12-05 17:59:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

萝卜青菜81

新虫 (初入文坛)
★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
我觉得可能就是你说的，你这个种的即可能没有测基因组，也没有测28S和ITS，所以数据库里没有相关序列，导致比对不上。我目前也遇到了相似的问题，真的是奇怪了。我300bp的序列，后面50bp比对上某个物种，前面的250bp什么也没有比对上，引物还是特异性的，如果非特异性扩增到未注释的序列，那也不应该有后面50bp能比对上，头都疼了。
赞一下 回复此楼
13楼2018-04-15 00:08:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

萝卜青菜81

新虫 (初入文坛)
我觉得可能就是你说的，你这个种的即可能没有测基因组，也没有测28S和ITS，所以数据库里没有相关序列，导致比对不上。我目前也遇到了相似的问题，真的是奇怪了。我300bp的序列，后面50bp比对上某个物种，前面的250bp什么也没有比对上，引物还是特异性的，如果非特异性扩增到未注释的序列，那也不应该有后面50bp能比对上，头都疼了。
赞一下 回复此楼
14楼2018-04-15 00:09:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
neu2343楼
2013-12-05 09:34   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
会飞的乌龟--5楼
2013-12-05 09:58   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
haixiawu6楼
2013-12-05 10:00   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
wlxiao8楼
2013-12-05 10:10   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
hongdounv7710楼
2013-12-05 10:53   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
1 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
yiloutingyu12楼
2013-12-06 23:17   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 柠檬可乐星 的主题更新
141/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭