应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？
51/1返回列表
查看: 6732  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

[交流] 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？

求指点啊：我扩了A属（用的是A属下的单一种做的）的18S、28S和ITS(ITS1+5.8S+ITS2)这三段基因，得到序列后到NCBI里blast。
结果：18S比对出了A属的信息；
           28S没有比对出A属，而是比对出B属的信息，已知A、B是一个科的
           ITS blast后显示：No significant similarity found。
之前怀疑是测序出错，换公司把28S和ITS 重测之后，测序结果98%一致，当然blast结果也一样。
后又查文献，还没有明确找到A属有做28S和ITS的，B属做28S的很多。这三段基因在我所做的这个门、不同属都有做的，但每个属可能只做其中某几段（当然可能是我文献查的不全）。
鉴于我上述情况，求各位高手指点可能的原因是什么啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-12-05 09:05:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-05 21:01:41
既然A属的28S没人做过明确的结果
那就把blast的分值降下来
另外不要用高级blast 就用最基本的那个BLASTn
后面那些blast要利用到进一步的annotation 而且数据库有限
你这个连基本序列都没人做过 就不要用什么mega之类的了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-12-05 09:40:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

lm2570

木虫 (正式写手)
★ ★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 21:01:49
是合理的啊，A属没有明确做28S的，自然BLAST不到

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-12-05 09:09:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

不叶珏

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 21:01:56
就是说 NCBI 上暂时没有与你序列相似的序列
没人提交相关序列 你自然找不到match了
赞一下 回复此楼
9楼2013-12-05 10:32:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
如果真是这样 反倒能放心了 多谢各位指点
赞一下 回复此楼
11楼2013-12-05 17:59:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
hongdounv7710楼
2013-12-05 10:53   回复  
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
1 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 320求调剂 +6 深郊akm 2026-04-17 6/300 2026-04-20 18:57 by fs26jie
[论文投稿] 期刊推荐 +3 材料研究生 2026-04-15 5/250 2026-04-20 16:02 by 豆豆7758
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +4 yexuqing 2026-04-19 4/200 2026-04-20 14:47 by brantleo
[考研] 297，工科调剂?河南农业大学本科 +15 河南农业大学-能 2026-04-14 15/750 2026-04-20 12:39 by Equinoxhua
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 通信工程求调剂！！！ +7 zlb770521 2026-04-14 7/350 2026-04-19 20:56 by Equinoxhua
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-14 11/550 2026-04-19 17:16 by 中豫男
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂推荐 +9 小聂爱学习 2026-04-14 9/450 2026-04-19 17:03 by 中豫男
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +10 lzmk 2026-04-14 11/550 2026-04-19 16:42 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 307中医考研调剂 +9 于以采蘩 2026-04-14 9/450 2026-04-19 08:41 by 烟雨流涯
[考研] 294求调剂 +15 淡然654321 2026-04-15 15/750 2026-04-19 08:20 by cuisz
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 一志愿沪9，生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
[基金申请] RY：中国产出的科学垃圾论文，绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 药学求调剂 +14 喽哈加油 2026-04-14 16/800 2026-04-16 10:15 by beilsong20
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭