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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

[交流] 为什么测得的序列在NCBI里blast不出来？

求指点啊：我扩了A属（用的是A属下的单一种做的）的18S、28S和ITS(ITS1+5.8S+ITS2)这三段基因，得到序列后到NCBI里blast。
结果：18S比对出了A属的信息；
           28S没有比对出A属，而是比对出B属的信息，已知A、B是一个科的
           ITS blast后显示：No significant similarity found。
之前怀疑是测序出错，换公司把28S和ITS 重测之后，测序结果98%一致，当然blast结果也一样。
后又查文献，还没有明确找到A属有做28S和ITS的，B属做28S的很多。这三段基因在我所做的这个门、不同属都有做的，但每个属可能只做其中某几段（当然可能是我文献查的不全）。
鉴于我上述情况，求各位高手指点可能的原因是什么啊？
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1楼 2013-12-05 09:05:13
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lm2570

木虫 (正式写手)
★ ★
柠檬可乐星(金币+1): 谢谢参与
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-05 21:01:49
是合理的啊，A属没有明确做28S的，自然BLAST不到

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2楼2013-12-05 09:09:57
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