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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助】关于测序后序列对比的问题
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xu19850927

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于测序后序列对比的问题

我最近做的课题是扩增人的基因组DNA，然后测序，现在已经得到测序的结果，请问最常规对比序列寻找SNP的方法是什么？有人说用Blast，或者看峰图，有没有做过这方面的实验的解答一下，多谢
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1楼 2011-04-17 20:11:04
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haitian0625

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
lstt09nk(金币+2): 鼓励交流，欢迎常来 2011-04-18 11:27:23
xu19850927(金币+5): 谢谢 2011-04-23 11:34:37
你说的两个都行，第一个就是BLAST后看不同碱基的地方；第二个就是峰图上某个碱基的位置，出现上、下两个峰，就是SNP了。
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2楼2011-04-18 08:58:20
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
lstt09nk(金币+1): 感谢推荐，希望对楼主有所帮助~~ 2011-04-18 11:27:45
xu19850927(金币+5): 谢谢 2011-04-23 11:35:42
CodonCode Aligner
这个软件相当好用。
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2011-04-18 10:40:23
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xu19850927

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xu19850927 at 2011-04-17 20:11:04:
我最近做的课题是扩增人的基因组DNA，然后测序，现在已经得到测序的结果，请问最常规对比序列寻找SNP的方法是什么？有人说用Blast，或者看峰图，有没有做过这方面的实验的解答一下，多谢

再细问一下，用blast要注意什么？难道只要不一样的位点就是SNP？怎么来验证一下
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4楼2011-04-23 11:35:22
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
占楼备用吧
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5楼2011-04-24 12:26:31
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lxyconan

新虫 (初入文坛)
直接用dnaman呗
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6楼2012-12-10 18:18:48
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