| 查看: 4034 | 回复: 18 | ||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | ||
[求助]
一个二倍体植物的全基因组测序程序及花费？
|
||
|
咨询一个问题，请懂行的详细回答： 一个二倍体木本植物，染色体数2n=24，没有现成的单倍体培养（如花药培养）手段，没有纯系，也没有做任何的连锁图谱、文库，想做一个全基因组测序。 问：大概的程序是怎么样的？花费大约要多少？计算依据？ |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
hnndljd» 猜你喜欢
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有67人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有8人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 冬青科
已经有5人回复
- 植物样品多酚测定求助
已经有6人回复
- 为什么我的测序送过去公司那边摇菌总是失败？
已经有7人回复
- 请问此种植物叫什么名字？
已经有10人回复
- PNAS：3亿年前“植物庞贝城”现身
已经有4人回复
- 一个关于全基因组测序的问题
已经有6人回复
- 【求助/交流】T-DNA全长约10000bp能否转入植物基因组。
已经有22人回复
- 【转帖】第三代基因组测序仪实现单分子速读
已经有4人回复
- 【求助/交流】提取的植物基因组DNA电泳图，疑问？？？
已经有17人回复
caolingdog
铁虫 (小有名气)
- MolEPI: 1
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 16.2
- 散金: 337
- 帖子: 122
- 在线: 40.5小时
- 虫号: 1599020
- 注册: 2012-02-04
- 性别: GG
- 专业: 遗传学研究新技术与方法
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
西瓜: 金币+5, MolEPI+1, Good!内行人士！ 2012-04-03 14:57:12
西瓜: 金币+5, MolEPI+1, Good!内行人士！ 2012-04-03 14:57:12
|
关键看你的基因组多大，植物里面基因组大小差别非常大。 另外， 最新的装配技术可以让你只需要用第二代测序平台就可以装出不错的结果（只能到草图级别）；第一代测序基本上不需要应用到全基因组测序上来了。当然，如果为了做一个很好的框架图谱或者精细图谱，还是有必要做fosmid或者BAC的测序的。 假设你的基因组是1 Gb。我的建议是：先花部分（20-50万）经费做几个文库的第二代测序，覆盖几十倍即可。这样对你的基因组有一个精确的评估，然后再确定后续的方案。 总之，不需要华大做的话（自己做或者找合适的单位合作），只要不是超级复杂的基因组应该100万内可以做草图；200万内可以做框架图，精细图谱那就不好说了，500万都打不住。 华大做的话，双方谈好了，你们出让第一作者和通讯作者，经费加倍即可。或者你们老板出让其他学术资源给他们，私下谈。 另外，华大的SOAP系列拼接算法的scaffold很长，但是根据最新的一篇文章的评估（Genome research，http://genome.cshlp.org/content/22/3/557.short），错误率很高。当然，他们最大的优势是快，如果你们不差钱，还有竞争对手，或者老板想卡时间抢成果、评院士、杰青，报奖。那就找华大吧，不过后续的副作用要慢慢消化。 |
6楼2012-04-02 14:39:20
gaoyang636
木虫 (著名写手)
- MolEPI: 5
- 应助: 202 (大学生)
- 金币: 4111.4
- 散金: 7
- 红花: 14
- 帖子: 1108
- 在线: 159.8小时
- 虫号: 384065
- 注册: 2007-05-27
- 专业: 基因组学
2楼2012-03-29 08:45:40
3楼2012-03-29 09:51:32
gaoyang636
木虫 (著名写手)
- MolEPI: 5
- 应助: 202 (大学生)
- 金币: 4111.4
- 散金: 7
- 红花: 14
- 帖子: 1108
- 在线: 159.8小时
- 虫号: 384065
- 注册: 2007-05-27
- 专业: 基因组学
听lz的回答，我猜测你们课题组应该没有高通量测序基础。但是找华大的话，预算的问题就靠你们高层和他们沟通了。 4楼2012-03-29 14:32:37
5楼2012-03-29 15:44:09
caolingdog
铁虫 (小有名气)
- MolEPI: 1
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 16.2
- 散金: 337
- 帖子: 122
- 在线: 40.5小时
- 虫号: 1599020
- 注册: 2012-02-04
- 性别: GG
- 专业: 遗传学研究新技术与方法
7楼2012-04-02 15:04:35
gaoyang636
木虫 (著名写手)
- MolEPI: 5
- 应助: 202 (大学生)
- 金币: 4111.4
- 散金: 7
- 红花: 14
- 帖子: 1108
- 在线: 159.8小时
- 虫号: 384065
- 注册: 2007-05-27
- 专业: 基因组学
8楼2012-04-04 18:35:57
9楼2012-04-05 21:37:38
10楼2012-05-04 12:04:04
5