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一个二倍体植物的全基因组测序程序及花费？
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咨询一个问题，请懂行的详细回答： 一个二倍体木本植物，染色体数2n=24，没有现成的单倍体培养（如花药培养）手段，没有纯系，也没有做任何的连锁图谱、文库，想做一个全基因组测序。 问：大概的程序是怎么样的？花费大约要多少？计算依据？ |
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caolingdog
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【答案】应助回帖
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西瓜: 金币+5, MolEPI+1, Good!内行人士！ 2012-04-03 14:57:12
西瓜: 金币+5, MolEPI+1, Good!内行人士！ 2012-04-03 14:57:12
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关键看你的基因组多大，植物里面基因组大小差别非常大。 另外， 最新的装配技术可以让你只需要用第二代测序平台就可以装出不错的结果（只能到草图级别）；第一代测序基本上不需要应用到全基因组测序上来了。当然，如果为了做一个很好的框架图谱或者精细图谱，还是有必要做fosmid或者BAC的测序的。 假设你的基因组是1 Gb。我的建议是：先花部分（20-50万）经费做几个文库的第二代测序，覆盖几十倍即可。这样对你的基因组有一个精确的评估，然后再确定后续的方案。 总之，不需要华大做的话（自己做或者找合适的单位合作），只要不是超级复杂的基因组应该100万内可以做草图；200万内可以做框架图，精细图谱那就不好说了，500万都打不住。 华大做的话，双方谈好了，你们出让第一作者和通讯作者，经费加倍即可。或者你们老板出让其他学术资源给他们，私下谈。 另外，华大的SOAP系列拼接算法的scaffold很长，但是根据最新的一篇文章的评估（Genome research，http://genome.cshlp.org/content/22/3/557.short），错误率很高。当然，他们最大的优势是快，如果你们不差钱，还有竞争对手，或者老板想卡时间抢成果、评院士、杰青，报奖。那就找华大吧，不过后续的副作用要慢慢消化。 |
6楼2012-04-02 14:39:20
gaoyang636
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gaoyang636
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听lz的回答，我猜测你们课题组应该没有高通量测序基础。但是找华大的话，预算的问题就靠你们高层和他们沟通了。4楼2012-03-29 14:32:37
5楼2012-03-29 15:44:09
caolingdog
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7楼2012-04-02 15:04:35
gaoyang636
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