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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 一个二倍体植物的全基因组测序程序及花费？
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catq

新虫 (初入文坛)
做测序不难，关键是后期实验数据分析。这需要很好的生物信息功底，不是随便搞个workflow就可以搞定的。
植物的尤其是，应为基因组一般比较复杂。

上海慕海生物信息专业的，都是德国生物信息博士，10年以上的生物信息分析经验，对用2代测序做植物更有丰富的经验。最近的关于拟南芥的工作的还发了nature，不想某些单位用钱砸的，靠的是实验设计和数据分析。
www.bioinfomatics.cn
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11楼2012-05-30 16:51:51
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代国王后

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by caolingdog at 2012-04-02 14:39:20
关键看你的基因组多大，植物里面基因组大小差别非常大。
另外， 最新的装配技术可以让你只需要用第二代测序平台就可以装出不错的结果（只能到草图级别）；第一代测序基本上不需要应用到全基因组测序上来了。当然， ...

表吓我噢，我曾经看过烟草测序的详细账单，貌似记得不超过100W，
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12楼2012-10-16 22:31:53
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zqx128

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hnndljd at 2012-03-29 15:44:09
一代+二代 测序是什么意思？
课题组没有相关设备，也没有数据分析的经验
测序部分的工作要全部靠委托测序来完成
大概的花费会在什么水平？
100-200万？
300-500万？
or >1000万？

作为植物全基因组研究的重要手段, 测序技术经历了需要PCR扩增的第一代Sanger 测序法和第二代合成测序法, 已经发展到了无需PCR 扩增, 且具有高通量、低成本为特点的第3 代单分子测序阶段。
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13楼2013-01-17 11:50:27
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zqx128

金虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 代国王后 at 2012-10-16 22:31:53
表吓我噢，我曾经看过烟草测序的详细账单，貌似记得不超过100W，...

木本植物生命周期较长、基因组的杂合度较高、基因组较大, 且多数发生过
基因组的复制, 遗传背景不清晰,全基因组测序比草本的困难的多，烟草100W的话，林木几百上千万很正常。
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14楼2013-01-17 15:08:21
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代国王后

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
14楼: Originally posted by zqx128 at 2013-01-17 15:08:21
木本植物生命周期较长、基因组的杂合度较高、基因组较大, 且多数发生过
基因组的复制, 遗传背景不清晰,全基因组测序比草本的困难的多，烟草100W的话，林木几百上千万很正常。...

木本发生WGD事件比草本常见？有文献支持吗？
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15楼2013-01-20 17:28:30
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zqx128

金虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 代国王后 at 2013-01-20 17:28:30
木本发生WGD事件比草本常见？有文献支持吗？...

《木本植物全基因组测序研究进展》里是这样说的。
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16楼2013-01-21 08:59:32
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genomelin

银虫 (小有名气)
1.最重要的是估计基因组大小，flow cytometry可以，用水稻和拟南芥的做marker；也可以先测20G pair end数据，用 <20mer 长度估计基因组大小，以及重复序列。反正数据你做contig 时候也用得到
2. 根据这个做插入片段梯度，pairend 可以上个30X，mate-pair多测点，但主要是大片段的有效的mp数不多，所以要多测点，越多越好，最大的mp kit 可以到40kb，但是要求DNA要纯，不然环化效果极差
3. BAC 覆盖，根据染色体数目，连锁遗传的marker 数目能算出大概要多少X
4. 拼接用soapdenovo2 or AllpathLG都有很好的效果，但是实际估计soap2能长一点，这个根据你选的kmer 以及是否杂合有关，这些在数据前期都能估计出来，另外GR上的GAGE那篇文章有点老了，soapd2错误率下来了并支持multi kmer了。
5. 后期分析的pipeline都是比较简单的。
6. 注意repeat 的注释，多数都是简单跑那几个软件，但是如果想注释的非常好的话，参见法国人香蕉基因组
7. 剩下的基因组倍增是在染色体水平上才能做的，小的那个fragment duplication 除非有非常近源物种，没有太多说服力,要是没有染色体水平的，回答reviewer能把人愁死。。。
8. 剩下的rnaseq数据注意要用同批样品的RNA，降低错配。
9. 前期有没有实验积累或者你想从基因组数据中得到什么是最重要的，全基因组测序只是一个很简单的手段。
其实做过一个就知道这个东西一点也不难了。。。Data say the work！
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17楼2013-05-10 22:23:24
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文库构建

铁虫 (小有名气)
基因组大小约1GB，建议自己实验室先构建个BAC文库，平均片段插入在100kb以上，BAC (Bacterial Artificial Chromosome，细菌人工染色体)文库是含有某种生物体全部基因的随机片段的重组DNA克隆群体，是进行全基因组测序、构建物理图谱、染色体步查、基因筛选及基因图位克隆的基础。
自己实验室设备不全或技术不成熟找BAC文库构建筛选专家百博明创（北京）来代做。周期短，质量高。
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18楼2013-10-23 09:21:58
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落睿可思

新虫 (正式写手)
程序确定了吗？ 你可以参考 云杉  火炬松基因组的测序方法。估计你测也是针叶树吧。
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19楼2014-09-13 08:41:33
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