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hnndljd

金虫 (正式写手)

[求助] 一个二倍体植物的全基因组测序程序及花费?

咨询一个问题,请懂行的详细回答:
一个二倍体木本植物,染色体数2n=24,没有现成的单倍体培养(如花药培养)手段,没有纯系,也没有做任何的连锁图谱、文库,想做一个全基因组测序。
问:大概的程序是怎么样的?花费大约要多少?计算依据?
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十年树木,百年树人
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文库构建

铁虫 (小有名气)


基因组大小约1GB,建议自己实验室先构建个BAC文库,平均片段插入在100kb以上,BAC (Bacterial Artificial Chromosome,细菌人工染色体)文库是含有某种生物体全部基因的随机片段的重组DNA克隆群体,是进行全基因组测序、构建物理图谱、染色体步查、基因筛选及基因图位克隆的基础。
自己实验室设备不全或技术不成熟找BAC文库构建筛选专家百博明创(北京)来代做。周期短,质量高。
18楼2013-10-23 09:21:58
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查看全部 19 个回答

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hnndljd: 金币+5, 有帮助 2012-03-29 09:48:56
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-03 14:56:40
1.是要找华大测么?还是想搞合作,找其他科研单位测?华大是有盈利的,所以花费更大;
2.你这个植物基因组估计有多大呢?
3.打算测个草图出来呢?还是不强求是草图,测个七七八八就行?
要是经费比较充足,可以现在开始先建着BAC库,不论你怎么测,一代二代,BAC库都是很有帮助的
2楼2012-03-29 08:45:40
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hnndljd

金虫 (正式写手)

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-04 13:52:16
1.越便宜越好,当然前提是准确,而且,发文章的时候要能被认可。
2.这个真不知道,有什么办法能估计么?只知道是24根染色体。
3.测个草图吧。
4.经费多少算充足呢?2-3百万怎么样(专门投入到这一个项目上)?一代二代是什么意思?群体?这种植物很难做控制杂交的。BAC库正在考虑中。
十年树木,百年树人
3楼2012-03-29 09:51:32
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

★ ★
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-29 17:31:12
如果几百万的经费专门投到这上面,可以先建着大插入片段的库,然后采取一 代+二代测序的方法,发文章是不成问题的,并且如果测的比较好,并且这个物种及近缘物种没被测过的话,很容易发较高IF的paper。
  但是还是得先决定找谁帮忙测哈 听lz的回答,我猜测你们课题组应该没有高通量测序基础。但是找华大的话,预算的问题就靠你们高层和他们沟通了。
4楼2012-03-29 14:32:37
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