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一个二倍体植物的全基因组测序程序及花费？
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咨询一个问题，请懂行的详细回答： 一个二倍体木本植物，染色体数2n=24，没有现成的单倍体培养（如花药培养）手段，没有纯系，也没有做任何的连锁图谱、文库，想做一个全基因组测序。 问：大概的程序是怎么样的？花费大约要多少？计算依据？ |
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1.最重要的是估计基因组大小，flow cytometry可以，用水稻和拟南芥的做marker；也可以先测20G pair end数据，用 <20mer 长度估计基因组大小，以及重复序列。反正数据你做contig 时候也用得到 2. 根据这个做插入片段梯度，pairend 可以上个30X，mate-pair多测点，但主要是大片段的有效的mp数不多，所以要多测点，越多越好，最大的mp kit 可以到40kb，但是要求DNA要纯，不然环化效果极差 3. BAC 覆盖，根据染色体数目，连锁遗传的marker 数目能算出大概要多少X 4. 拼接用soapdenovo2 or AllpathLG都有很好的效果，但是实际估计soap2能长一点，这个根据你选的kmer 以及是否杂合有关，这些在数据前期都能估计出来，另外GR上的GAGE那篇文章有点老了，soapd2错误率下来了并支持multi kmer了。 5. 后期分析的pipeline都是比较简单的。 6. 注意repeat 的注释，多数都是简单跑那几个软件，但是如果想注释的非常好的话，参见法国人香蕉基因组 7. 剩下的基因组倍增是在染色体水平上才能做的，小的那个fragment duplication 除非有非常近源物种，没有太多说服力,要是没有染色体水平的，回答reviewer能把人愁死。。。 8. 剩下的rnaseq数据注意要用同批样品的RNA，降低错配。 9. 前期有没有实验积累或者你想从基因组数据中得到什么是最重要的，全基因组测序只是一个很简单的手段。 其实做过一个就知道这个东西一点也不难了。。。Data say the work！ |
17楼2013-05-10 22:23:24