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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 一个二倍体植物的全基因组测序程序及花费？
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hnndljd

金虫 (正式写手)

[求助] 一个二倍体植物的全基因组测序程序及花费？

咨询一个问题，请懂行的详细回答：
一个二倍体木本植物，染色体数2n=24，没有现成的单倍体培养（如花药培养）手段，没有纯系，也没有做任何的连锁图谱、文库，想做一个全基因组测序。
问：大概的程序是怎么样的？花费大约要多少？计算依据？
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hnndljd

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十年树木，百年树人
1楼 2012-03-28 21:36:33
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hnndljd at 2012-03-29 15:44:09:
一代+二代 测序是什么意思？
课题组没有相关设备，也没有数据分析的经验
测序部分的工作要全部靠委托测序来完成
大概的花费会在什么水平？
100-200万？
300-500万？
or >1000万？

要是打算测的很好，冲一下Nature,Sci 之类的paper,应该>1000万RMB的，亲～
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8楼2012-04-04 18:35:57
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hnndljd: 金币+5, ★有帮助 2012-03-29 09:48:56
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-03 14:56:40
1.是要找华大测么？还是想搞合作，找其他科研单位测？华大是有盈利的，所以花费更大；
2.你这个植物基因组估计有多大呢？
3.打算测个草图出来呢？还是不强求是草图，测个七七八八就行？
要是经费比较充足，可以现在开始先建着BAC库，不论你怎么测，一代二代，BAC库都是很有帮助的
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2楼2012-03-29 08:45:40
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hnndljd

金虫 (正式写手)
★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-04 13:52:16
1.越便宜越好，当然前提是准确，而且，发文章的时候要能被认可。
2.这个真不知道，有什么办法能估计么？只知道是24根染色体。
3.测个草图吧。
4.经费多少算充足呢？2-3百万怎么样（专门投入到这一个项目上）？一代二代是什么意思？群体？这种植物很难做控制杂交的。BAC库正在考虑中。
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十年树木，百年树人
3楼2012-03-29 09:51:32
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★ ★
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-29 17:31:12
如果几百万的经费专门投到这上面，可以先建着大插入片段的库，然后采取一 代+二代测序的方法，发文章是不成问题的，并且如果测的比较好，并且这个物种及近缘物种没被测过的话，很容易发较高IF的paper。
  但是还是得先决定找谁帮忙测哈 听lz的回答，我猜测你们课题组应该没有高通量测序基础。但是找华大的话，预算的问题就靠你们高层和他们沟通了。
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4楼2012-03-29 14:32:37
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