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纸鸢花

金虫 (正式写手)

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[求助] 细菌全基因组测序中不同的scaffold如何处理

刚刚接触这方面知识，测了一个细菌的精细图，回来后测序公司拼接成18个scaffold，想问问这些scaffold之间是什么关系，可能小的被包含在大的里吗？因为还存在许多gap,我应该如何处理这些scaffold呢？
非常感谢了

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1楼 2014-10-27 20:21:38

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Bio_in

铜虫 (初入文坛)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2014-10-30 11:30:57

首先，你需要理解基因组组装的名词解释Reads、Contig和Scaffold.
测序仪下机后的序列就是reads，reads通过overlap关系，组装成Contig。
contig内部是没有gap的，contig与contig之间通过mate-pair 库确定顺序，通过关系，将contig链接成scaffold，scaffold里面的contig与contig之间一般是由gap的，如果通过reads能填上，就少一些gap。但一般scaffold与scaffold之间的关系是不知道的，scaffold与scaffold之间的gap也是不知道的。你现在有18个scaffold，应该也覆盖了基因组的大部分，你完全可以用这个精细图进行基因预测和注释。
关键是你测序的目的，出于不同的目的，数据的分析方案也是不一样的。