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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌全基因组测序
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dazhen9527

新虫 (小有名气)

[求助] 细菌全基因组测序

现有一质粒整合到细菌基因组，想通过测序的方法知道整合的位点，细菌的基因组序列是未知的但知道与它同源性99%的同一物种的基因组序列，请问通过什么测序方法可以得到整合位点，基因组冲测序可以吗，每种测序的价钱请详解，谢谢！
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justdoit
1楼 2013-08-04 13:39:21
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小小亚杰

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 感谢发帖应助，帮助虫子 2013-08-04 22:02:00
dazhen9527: 金币+5, ★有帮助 2013-08-07 19:39:11
你做实验的整合质粒难道别人没有研究过么？
除非是你自己构造的整合质粒，不然已知的质粒早都有文献报告过了，不需要自己测序去找位点吧？
或者你用质粒上的引物往两边扩增一下就知道大概的位置了吧。
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2楼2013-08-04 20:46:07
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dazhen9527

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小小亚杰 at 2013-08-04 20:46:07
你做实验的整合质粒难道别人没有研究过么？
除非是你自己构造的整合质粒，不然已知的质粒早都有文献报告过了，不需要自己测序去找位点吧？
或者你用质粒上的引物往两边扩增一下就知道大概的位置了吧。

质粒序列已知，但是断开位点位点，质粒串联数目未知，反向PCR不好找呀
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justdoit
3楼2013-08-06 15:26:09
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lyjxp1987

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dazhen9527: 金币+5, ★有帮助 2013-08-07 19:39:01
1楼反向PCR的方法可行，质粒上的整合位点是固定的，可以查一下序列，是哪种整合位点，确定后在两端设计引物进行反向PCR，整合质粒一般只有一个拷贝，可以先做一下试试，没必要全基因测序。
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4楼2013-08-06 15:48:17
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dazhen9527

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lyjxp1987 at 2013-08-06 15:48:17
1楼反向PCR的方法可行，质粒上的整合位点是固定的，可以查一下序列，是哪种整合位点，确定后在两端设计引物进行反向PCR，整合质粒一般只有一个拷贝，可以先做一下试试，没必要全基因测序。

现在发现质粒有可能是串联后串联的，一般是整合到一个地方，但是现在的情况是有可能出线了多位点整合，如果是质粒的串联了，这会对反向PCR有一定的影响！！
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justdoit
5楼2013-08-07 19:41:13
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小小亚杰

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dazhen9527 at 2013-08-06 15:26:09
质粒序列已知，但是断开位点位点，质粒串联数目未知，反向PCR不好找呀...

没遇到过这样的情况，帮不了你了额。
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6楼2013-08-07 22:34:37
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