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纸鸢花

金虫 (正式写手)

[求助] 细菌全基因组测序中不同的scaffold如何处理

刚刚接触这方面知识,测了一个细菌的精细图,回来后测序公司拼接成18个scaffold,想问问这些scaffold之间是什么关系,可能小的被包含在大的里吗?因为还存在许多gap,我应该如何处理这些scaffold呢?
非常感谢了
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朱多龙

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
纸鸢花: 金币+1 2014-10-29 12:45:44
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-10-31 23:21:12
不会的,每个Scaffold都是基因组打断后测序拼接的结果。之所以有很多scaffold因为这些序列拼接不到一块了,可能有一些短序列没有测出来。每个scaffold 都是基因组上的一部分。
3楼2014-10-29 09:02:24
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2009355147

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也是遇到同样问题,和你一起求助。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2014-10-28 19:42:21
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
纸鸢花: 金币+1 2014-10-29 12:45:56
纸鸢花: 金币+1 2014-10-29 12:46:52
如果两个scaffold是包含关系或者有交集,就会被拼成一个更大的scaffold,因此不会出现那种情况。
4楼2014-10-29 09:17:50
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纸鸢花

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 朱多龙 at 2014-10-29 09:02:24
不会的,每个Scaffold都是基因组打断后测序拼接的结果。之所以有很多scaffold因为这些序列拼接不到一块了,可能有一些短序列没有测出来。每个scaffold 都是基因组上的一部分。

是基因组的一部分,可是因为较大的Scaffold中存在gap,所以还是有可能把小的包含在里头啊?
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5楼2014-10-29 12:45:40
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