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黑森林

金虫 (小有名气)

[求助] 如何根据基因中的保守结构域在基因组中找同源基因

一类蛋白家族，含有一个保守的S结构域，怎样才能根据这个S结构域，在A菌中找到也含有这个结构域的蛋白，能知道有多少个这样的蛋白吗？
A菌的基因组测完，还没有注释。目前只有测序完的原始序列。

刚接触这块内容，不知道讲清楚了没，还请大家赐教，谢谢！
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1楼 2014-05-27 16:58:43
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123qsz321

木虫 (正式写手)

爬坡的土鳖
你是想 找到同源序列 还是 具有相同结构的蛋白（三级结构之类的）   ， 很多时候既是你对线性序列分析的再彻底， 同源性也很高，但是结构不同，最终结果也不尽人意，看看生物信息学方面的书籍，自己想清楚 主要目标， 鄙人陋见
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2楼2014-05-27 20:30:59
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
不管怎么，首先，你的得对你的基因组序列进行注释：如果是刚入门，可以选择NCBI的原核生物注释通道（也就是标准的基因组提交过程，只要你设置足够长的时间来公布你的基因组即可）或者选择RAST注释系统。
不知道你的S结构域有多长？

如果你的S结构域序列比较长的话，可以直接用这段保守的结构域来比对你的每个蛋白质序列。
--------------------------------------------------------------------------------------------
或者你可以利用MEME在线工具，首先分析获得你的S结构域得保守基序，然后利用这个保守的S结构域基序检索你的全基因组序列
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https://www.microbialgenomic.cn/
3楼2014-05-27 20:51:49
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黑森林

金虫 (小有名气)
我做的是真菌，注释结果会不会差别很大。
只能先注释吗？
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4楼2014-06-06 16:52:56
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