24小时热门版块排行榜    

查看: 2135  |  回复: 9

zaasyangyong

金虫 (正式写手)

[交流] 自己从日本晴中克隆出来的序列和日本晴基因组数据库中的序列差别很大? 已有3人参与

自己从日本晴中克隆出来的序列和日本晴基因组数据库中的序列差别很大?,请问大家有无遇到过这种情况?
回复此楼
算了
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
多大的差异算很大?
能不能贴个结果看看 :)
2楼2013-04-10 17:48:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zaasyangyong

金虫 (正式写手)

一段序列,约3k,从日本晴中分段PCR克隆,去RAP-DB和日本晴基因组比对,惊奇发现差异很大;在NCBI比对,前2个都是野生稻,第3个才是日本晴序列(图1),同源性大都在80%左右(图2,3)。

Blast.JPG



野生稻.JPG



日本晴.JPG

算了
3楼2013-04-10 18:19:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmj521good

铁杆木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
遇到过有差别的,但没有遇到差别很大的
认真是一种习惯
4楼2013-04-13 09:23:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zaasyangyong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zmj521good at 2013-04-13 09:23:05
遇到过有差别的,但没有遇到差别很大的

相对于9311,日本晴基因组序列堪称完美,据说侧了8遍,我以前只遇到过个别碱基差异。不知道这次是为啥啊?我觉得这应该不是这样的,应该有其他原因。就是想问问大家有谁遇到过类似的?
算了
5楼2013-04-13 17:02:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmj521good

铁杆木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by zaasyangyong at 2013-04-13 17:02:27
相对于9311,日本晴基因组序列堪称完美,据说侧了8遍,我以前只遇到过个别碱基差异。不知道这次是为啥啊?我觉得这应该不是这样的,应该有其他原因。就是想问问大家有谁遇到过类似的?...

我一个同学测序结果直接比NCBI中给出的日本晴测序结果中间多出 了几百bp,多次验证都是这个结果
认真是一种习惯
6楼2013-04-15 09:08:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zaasyangyong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zmj521good at 2013-04-15 09:08:27
我一个同学测序结果直接比NCBI中给出的日本晴测序结果中间多出 了几百bp,多次验证都是这个结果...

多次验证是自己收集的日本晴种子的苗,有无要其他老师的日本晴验证过?
算了
7楼2013-04-15 11:21:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmj521good

铁杆木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by zaasyangyong at 2013-04-15 11:21:57
多次验证是自己收集的日本晴种子的苗,有无要其他老师的日本晴验证过?...

应该没有吧,他好像没有考虑到这点
认真是一种习惯
8楼2013-04-16 11:46:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zaasyangyong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zmj521good at 2013-04-16 11:46:59
应该没有吧,他好像没有考虑到这点...

谢谢!
算了
9楼2013-04-17 14:20:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nicou

金虫 (小有名气)

后来呢?
10楼2019-01-09 11:13:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zaasyangyong 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科申报系统有变化 +3 kynobel 2026-08-23 3/150 2026-08-29 21:57 by 余韵清
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:44 by 4qO8zhfjr2AX
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 20:07 by winsaint
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 3/150 2026-08-29 18:26 by 4FFAWE8HcgUD
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 17:22 by 4FFAWE8HcgUD
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:13 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +5 gdd2018 2026-08-28 10/500 2026-08-29 14:10 by Jacob678
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[基金申请] 基金不中,共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
请填处理意见