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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 自己从日本晴中克隆出来的序列和日本晴基因组数据库中的序列差别很大？
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)

[交流] 自己从日本晴中克隆出来的序列和日本晴基因组数据库中的序列差别很大？ 已有3人参与

自己从日本晴中克隆出来的序列和日本晴基因组数据库中的序列差别很大？，请问大家有无遇到过这种情况？
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算了
1楼 2013-04-10 15:13:25
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
多大的差异算很大？
能不能贴个结果看看 ：)
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2楼2013-04-10 17:48:11
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
一段序列，约3k，从日本晴中分段PCR克隆，去RAP-DB和日本晴基因组比对，惊奇发现差异很大；在NCBI比对，前2个都是野生稻，第3个才是日本晴序列（图1），同源性大都在80%左右（图2，3）。

Blast.JPG



野生稻.JPG



日本晴.JPG
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算了
3楼2013-04-10 18:19:05
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zmj521good

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
遇到过有差别的，但没有遇到差别很大的
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认真是一种习惯
4楼2013-04-13 09:23:05
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zmj521good at 2013-04-13 09:23:05
遇到过有差别的，但没有遇到差别很大的

相对于9311，日本晴基因组序列堪称完美，据说侧了8遍，我以前只遇到过个别碱基差异。不知道这次是为啥啊？我觉得这应该不是这样的，应该有其他原因。就是想问问大家有谁遇到过类似的？
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算了
5楼2013-04-13 17:02:27
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zmj521good

铁杆木虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
5楼: Originally posted by zaasyangyong at 2013-04-13 17:02:27
相对于9311，日本晴基因组序列堪称完美，据说侧了8遍，我以前只遇到过个别碱基差异。不知道这次是为啥啊？我觉得这应该不是这样的，应该有其他原因。就是想问问大家有谁遇到过类似的？...

我一个同学测序结果直接比NCBI中给出的日本晴测序结果中间多出 了几百bp，多次验证都是这个结果
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认真是一种习惯
6楼2013-04-15 09:08:27
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zmj521good at 2013-04-15 09:08:27
我一个同学测序结果直接比NCBI中给出的日本晴测序结果中间多出 了几百bp，多次验证都是这个结果...

多次验证是自己收集的日本晴种子的苗，有无要其他老师的日本晴验证过？
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算了
7楼2013-04-15 11:21:57
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zmj521good

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by zaasyangyong at 2013-04-15 11:21:57
多次验证是自己收集的日本晴种子的苗，有无要其他老师的日本晴验证过？...

应该没有吧，他好像没有考虑到这点
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认真是一种习惯
8楼2013-04-16 11:46:59
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zmj521good at 2013-04-16 11:46:59
应该没有吧，他好像没有考虑到这点...

谢谢！
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算了
9楼2013-04-17 14:20:47
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nicou

金虫 (小有名气)
后来呢？
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10楼2019-01-09 11:13:00
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