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zaasyangyong

金虫 (正式写手)

[交流] 自己从日本晴中克隆出来的序列和日本晴基因组数据库中的序列差别很大? 已有3人参与

自己从日本晴中克隆出来的序列和日本晴基因组数据库中的序列差别很大?,请问大家有无遇到过这种情况?
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算了
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zmj521good

铁杆木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by zaasyangyong at 2013-04-15 11:21:57
多次验证是自己收集的日本晴种子的苗,有无要其他老师的日本晴验证过?...

应该没有吧,他好像没有考虑到这点
认真是一种习惯
8楼2013-04-16 11:46:59
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gaoyang636

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
多大的差异算很大?
能不能贴个结果看看 :)
2楼2013-04-10 17:48:11
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zaasyangyong

金虫 (正式写手)

一段序列,约3k,从日本晴中分段PCR克隆,去RAP-DB和日本晴基因组比对,惊奇发现差异很大;在NCBI比对,前2个都是野生稻,第3个才是日本晴序列(图1),同源性大都在80%左右(图2,3)。

Blast.JPG



野生稻.JPG



日本晴.JPG

算了
3楼2013-04-10 18:19:05
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zmj521good

铁杆木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
遇到过有差别的,但没有遇到差别很大的
认真是一种习惯
4楼2013-04-13 09:23:05
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