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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】基因组中的scaffold是甚么意思？
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charster

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】基因组中的scaffold是甚么意思？ 已有5人参与

基因组中的scaffold是甚么意思？望指点
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1楼 2010-04-29 10:09:15
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月月大可

木虫 (著名写手)
核骨架
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2楼2010-04-29 12:03:53
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charster

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 月月大可 at 2010-04-29 12:03:53:
核骨架

能解释详细一点吗
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3楼2010-04-29 12:10:05
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快乐由自己go

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+1):欢迎多多交流~~ 2010-04-29 12:12
我的理解是将可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs，若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接，可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系，这样的排列就形成了scaffold. 换言之，scaffold是众多的contig拼接结果。
不知有没有帮助，我也在学习中，欢迎交流！
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4楼2010-04-29 12:11:48
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charster

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 快乐由自己go at 2010-04-29 12:11:48:
我的理解是将可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs，若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接，可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系，这样的排列就形成了 ...

我对scaffold 的理解跟你差不多， 但我有一点疑惑 ： 片段拼接到什么程度才能算是一个scaffold呢？
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5楼2010-04-29 12:22:23
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快乐由自己go

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by charster at 2010-04-29 12:22:23:



我对scaffold 的理解跟你差不多， 但我有一点疑惑 ： 片段拼接到什么程度才能算是一个scaffold呢？

这个应该没有定值，根据实验目的确定不同的严谨度，跟contig的拼接是类似的。
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6楼2010-04-29 12:53:04
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genetics183

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 快乐由自己go at 2010-04-29 12:11:48:
我的理解是将可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs，若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接，可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系，这样的排列就形成了 ...

此为正解！
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士虽有学，而行为本焉。
7楼2010-05-03 20:06:13
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一只科研猪

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 快乐由自己go at 2010-04-29 12:53:04
这个应该没有定值，根据实验目的确定不同的严谨度，跟contig的拼接是类似的。...

一个组装后的基因组，是scaffold越多越好还是越少越好
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8楼2020-06-22 10:09:43
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