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charster

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】基因组中的scaffold是甚么意思? 已有5人参与

基因组中的scaffold是甚么意思?望指点
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月月大可

木虫 (著名写手)

核骨架
2楼2010-04-29 12:03:53
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charster

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 月月大可 at 2010-04-29 12:03:53:
核骨架

能解释详细一点吗
3楼2010-04-29 12:10:05
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快乐由自己go

银虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+1):欢迎多多交流~~ 2010-04-29 12:12
我的理解是将可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs,若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接,可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系,这样的排列就形成了scaffold. 换言之,scaffold是众多的contig拼接结果。
不知有没有帮助,我也在学习中,欢迎交流!
4楼2010-04-29 12:11:48
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charster

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 快乐由自己go at 2010-04-29 12:11:48:
我的理解是将可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs,若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接,可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系,这样的排列就形成了 ...

我对scaffold 的理解跟你差不多, 但我有一点疑惑 : 片段拼接到什么程度才能算是一个scaffold呢?
5楼2010-04-29 12:22:23
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快乐由自己go

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by charster at 2010-04-29 12:22:23:



我对scaffold 的理解跟你差不多, 但我有一点疑惑 : 片段拼接到什么程度才能算是一个scaffold呢?

这个应该没有定值,根据实验目的确定不同的严谨度,跟contig的拼接是类似的。
6楼2010-04-29 12:53:04
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genetics183

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 快乐由自己go at 2010-04-29 12:11:48:
我的理解是将可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs,若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接,可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系,这样的排列就形成了 ...

此为正解!
士虽有学,而行为本焉。
7楼2010-05-03 20:06:13
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一只科研猪

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 快乐由自己go at 2010-04-29 12:53:04
这个应该没有定值,根据实验目的确定不同的严谨度,跟contig的拼接是类似的。...

一个组装后的基因组,是scaffold越多越好还是越少越好
8楼2020-06-22 10:09:43
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